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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jyj | ||||||
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タイトル | Re-refining the tetraloop-receptor RNA-RNA complex using NMR-derived restraints and Xplor-nih (2.18) | ||||||
要素 | RNA (43-MER) | ||||||
キーワード | RNA/RNA / RNA structure / RNA-RNA complex / tetraloop-receptor / GAAA-tetraloop / RNA global structure | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Zuo, X. / Wang, J. / Foster, T.R. / Schwieters, C.D. / Tiede, D.M. / Butcher, S.E. / Wang, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: RNA helical packing in solution: NMR structure of a 30 kDa GAAA tetraloop-receptor complex. 著者: Davis, J.H. / Tonelli, M. / Scott, L.G. / Jaeger, L. / Williamson, J.R. / Butcher, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jyj.cif.gz | 525.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jyj.ent.gz | 447.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jyj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2jyj_validation.pdf.gz | 323.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2jyj_full_validation.pdf.gz | 426 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2jyj_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2jyj_validation.cif.gz | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/2jyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/2jyj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 13873.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 3D 1H-13C NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: 8 mg/ml (w/v) Tetraloop-receptor RNA/RNA complex, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 8 w/v 構成要素: Tetraloop-receptor RNA:RNA complex RNA-RNA complex |
試料状態 | イオン強度: 20 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: X-PLOR NIH / バージョン: 2.18 / 開発者: Schwieters, C.D. et al. / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: This ensemble of the structures were re-refined with NMR-derived restraints. The original refinements have been published in JMB (2005, 351(2), pp351-82). We re-refined the structures of the ...詳細: This ensemble of the structures were re-refined with NMR-derived restraints. The original refinements have been published in JMB (2005, 351(2), pp351-82). We re-refined the structures of the tetraloop-receptor RNA/RNA complex using the restraint files whose formats are consistent with Xplor-nih. No SAXS data was used in this refinement. |
代表構造 | 選択基準: closest to the average |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |