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- PDB-2jya: NMR solution structure of protein ATU1810 from Agrobacterium tume... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jya
タイトルNMR solution structure of protein ATU1810 from Agrobacterium tumefaciens. Northeast Structural Genomics Consortium target AtR23, Ontario Centre for Structural Proteomics Target ATC1776
要素Uncharacterized protein Atu1810
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / protein with unknown function ATU1810 / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP / ATC1776 / AtR23 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / electron transport chain
類似検索 - 分子機能
atu1810 like domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH-ubiquinone oxidoreductase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lemak, A. / Yee, A. / Gutmanas, A. / Fares, C. / Karra, M. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of protein ATU1810 form Agrobacterium tumefaciens.
著者: Lemak, A. / Yee, A. / Gutmanas, A. / Fares, C. / Karra, M. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2007年12月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Atu1810


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2211
ポリマ－12,2211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Atu1810 / AGR_C_3324p


分子量: 12220.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: Atu1810, AGR_C_3324 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8UEE9, UniProt: A9CIL3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HBHA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D H(CCO)NH
1813D (H)C(CCO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11412D 1H-15N HSQC(IPAP)
11513D TROSY-HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N] Atu1810, 10 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] Atu1810, 10 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMAtu1810[U-13C; U-15N]1
10 mMTris-HCl1
300 mMsodium chloride1
0.1 %sodium azide1
10 mMbenzamidine1
0.5 mMAtu1810[U-13C; U-15N]2
10 mMTris-HCl2
300 mMsodium chloride2
0.1 %sodium azide2
10 mMbenzamidine2
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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