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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jxr | ||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF YEAST PROTEINASE A | ||||||||||||
![]() | PROTEINASE A | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / ASPARTYL PROTEASE / GLYCOPROTEIN / ZYMOGEN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() saccharopepsin / microautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / oligosaccharide binding / pexophagy / fungal-type vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / macroautophagy / autophagy / disordered domain specific binding ...saccharopepsin / microautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / oligosaccharide binding / pexophagy / fungal-type vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / macroautophagy / autophagy / disordered domain specific binding / peptidase activity / aspartic-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Aguilar, C.F. / Badasso, M. / Dreyer, T. / Cronin, N.B. / Newman, M.P. / Cooper, J.B. / Hoover, D.J. / Wood, S.P. / Johnson, M.S. / Blundell, T.L. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: The three-dimensional structure at 2.4 A resolution of glycosylated proteinase A from the lysosome-like vacuole of Saccharomyces cerevisiae. 著者: Aguilar, C.F. / Cronin, N.B. / Badasso, M. / Dreyer, T. / Newman, M.P. / Cooper, J.B. / Hoover, D.J. / Wood, S.P. / Johnson, M.S. / Blundell, T.L. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 558.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 593.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35774.551 Da / 分子数: 1 / 変異: L315I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P07267, saccharopepsin |
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-2Z3 / |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Badasso, M., (1993) J. Mol. Biol., 232, 701. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 18325 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. measured all: 84192 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å 詳細: LOOP RESIDUES A 140 - A 142 WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: RESTRAIN / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.193 / Rfactor Rfree: 0.27 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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