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万見
- PDB-2jwn: Solution NMR structure of the protease-resistent domain of Xenopu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jwn
タイトルSolution NMR structure of the protease-resistent domain of Xenopus laevis ePABP2
要素Embryonic polyadenylate-binding protein 2-B
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ePABP2 / poly(A) binding / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Center for Eukaryotic Structural Genomics / Cytoplasm RNA-binding / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A) binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Embryonic polyadenylate-binding protein 2-B
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / Torsion Angle Dynamics, Simulated Annealing
データ登録者Song, J. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structural basis for RNA recognition by a type II poly(A)-binding protein.
著者: Song, J. / McGivern, J.V. / Nichols, K.W. / Markley, J.L. / Sheets, M.D.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Embryonic polyadenylate-binding protein 2-B
B: Embryonic polyadenylate-binding protein 2-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1032
ポリマ－27,1032
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #5lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Embryonic polyadenylate-binding protein 2-B / Embryonic poly(A)-binding protein 2-B / Embryonic poly(A)-binding protein type II-B / ePABP2-B / XePABP2-B


分子量: 13551.257 Da / 分子数: 2 / 断片: Protease-resistent domain: Residues 60-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Oocyte / 遺伝子: epabp2-B / プラスミド: PVP56K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TY21

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H,15N-HSQC
1211H,13C-HSQC
131HN(CA)CB
141H(CCO)NH
151CBCA(CO)NH
161C(CO)NH
171HCCHTOCSY
181HBACONH
19113C-EDITED 1H,1H-NOESY
110115C-EDITED 1H,1H-NOESY
111213C,15N filtered, 13C EDITED 1H,1H-NOESY
212315N IPAP HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ePABP2-trp, 100 mM NaCl, 10 mM NaAc, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ePABP2-trp, 0.5 mM ePABP2-trp, 100 mM NaCl, 10 mM NaAc, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-100% 15N] ePABP2-trp, 5 % PEG, 100 mM NaCl, 10 mM NaAc, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMePABP2-trp[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMNaCl1
10 mMNaAc1
0.5 mMePABP2-trp-1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.5 mMePABP2-trp-22
100 mMNaCl2
10 mMNaAc2
0.5 mMePABP2-trp[U-100% 15N]3
5 %PEG3
100 mMNaCl3
10 mMNaAc3
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110051 atm308 K
210051 atm302 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.17.0Schwieters, C.D., Kuszewski, J.J., Tjandra, N., Clore, G.M.精密化
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe97.027.12.56Delagio, F. et al.解析
Sparky3.113Goddard, T.D. and Kneller, D.G.データ解析
GARANT2.1Bartels, C. et alデータ解析
CYANA2.1Guntert, P. et alstructural calculation
精密化手法: Torsion Angle Dynamics, Simulated Annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 4178 NOE RESTRAINTS (1672 INTRA, 866 SEQUENTIAL, 562 MEDIUM, 912 LONG RANGE INTERMOLECULAR AND 166 INTERMOLECULAR), 116 HBOND RESTRAINTS, 326 PHI AND PSI ...詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 4178 NOE RESTRAINTS (1672 INTRA, 866 SEQUENTIAL, 562 MEDIUM, 912 LONG RANGE INTERMOLECULAR AND 166 INTERMOLECULAR), 116 HBOND RESTRAINTS, 326 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS AND 188 N-H RDC CONSTRAINTS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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