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万見
- PDB-2jw6: Solution structure of the DEAF1 MYND domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jw6
タイトルSolution structure of the DEAF1 MYND domain
要素Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / zinc binding domain / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphorylation / Secreted / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / embryonic skeletal system development / germ cell development / anatomical structure morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neural tube closure / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / fibrillar center / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / embryonic skeletal system development / germ cell development / anatomical structure morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neural tube closure / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / fibrillar center / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor DEAF-1 / Helix Hairpins - #2220 / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type ...Transcription factor DEAF-1 / Helix Hairpins - #2220 / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Spadaccini, R. / Perrin, H. / Bottomley, M. / Ansieu, S. / Sattler, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Retraction notice to "Structure and functional analysis of the MYND domain" [J. Mol. Biol. (2006) 358, 498-508].
著者: Spadaccini, R. / Perrin, H. / Bottomley, M.J. / Ansieau, S. / Sattler, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure and functional analysis of the MYND domain.
著者: Spadaccini, R. / Perrin, H. / Bottomley, M.J. / Ansieau, S. / Sattler, M.
履歴
登録2007年10月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年12月25日ID: 2FV6
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年4月10日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0093
ポリマ－5,8791
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog / Nuclear DEAF-1- related transcriptional regulator / NUDR / Suppressin / Zinc finger MYND domain- ...Nuclear DEAF-1- related transcriptional regulator / NUDR / Suppressin / Zinc finger MYND domain-containing protein 5


分子量: 5878.600 Da / 分子数: 1 / 断片: mynd domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pet24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75398
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D HNCA
1313D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細内容: 0,4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mynd, 4 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMmynd[U-100% 13C; U-100% 15N]1
4 mMDTT1
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
試料状態イオン強度: 20mM phosphate, 100mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient atm / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX9001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: molecular dynamics The NMR ensemble has been refined in a shell of water molecules. refinement details can be found in the jrnl citation above and linge et al. structures were calculated with ...詳細: molecular dynamics The NMR ensemble has been refined in a shell of water molecules. refinement details can be found in the jrnl citation above and linge et al. structures were calculated with aria 1.2 in combination with cns.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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