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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jvo | ||||||
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タイトル | Segmental isotope labeling of Npl3 | ||||||
要素 | Nucleolar protein 3 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Protein / Nucleus / Phosphorylation / Ribonucleoprotein / Ribosome biogenesis / RNA-binding / rRNA processing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / eukaryotic initiation factor 4G binding / poly(A) binding / RNA polymerase II complex binding / translational termination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / ribosome biogenesis / negative regulation of translation ...negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / eukaryotic initiation factor 4G binding / poly(A) binding / RNA polymerase II complex binding / translational termination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / ribosome biogenesis / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Skrisovska, L. / Allain, F.H.-T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Improved segmental isotope labeling methods for the NMR study of multidomain or large proteins: application to the RRMs of Npl3p and hnRNP L 著者: Skrisovska, L. / Allain, F.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jvo.cif.gz | 475.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jvo.ent.gz | 391.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jvo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2jvo_validation.pdf.gz | 409.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2jvo_full_validation.pdf.gz | 548.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2jvo_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2jvo_validation.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/2jvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/2jvo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12292.843 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM 1 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NOP3, MTS1, NAB1, NPL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+ RIL / 参照: UniProt: Q01560 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.2 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |