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万見
- PDB-2jvg: Structure of C3-binding domain 4 of Staphylococcus aureus protein Sbi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jvg
タイトルStructure of C3-binding domain 4 of Staphylococcus aureus protein Sbi
要素IgG-binding protein SBI
キーワードIMMUNE SYSTEM / three helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-binding protein Sbi, domain IV / C3 binding domain 4 of IgG-bind protein SBI / Sbi, C3 binding domain IV / Sbi, C3 binding domain IV / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin-binding protein Sbi / Immunoglobulin-binding protein Sbi
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsStructure of Sbi domain 4. NMR-derived ensemble of twenty structures.
データ登録者Upadhyay, A. / Burman, J. / Clark, E.A. / van den Elsen, J.M.H. / Bagby, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure-function analysis of the C3 binding region of Staphylococcus aureus immune subversion protein Sbi.
著者: Upadhyay, A. / Burman, J.D. / Clark, E.A. / Leung, E. / Isenman, D.E. / van den Elsen, J.M. / Bagby, S.
履歴
登録2007年9月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG-binding protein SBI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1231
ポリマ－8,1231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1rmsd from average + energy

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要素

#1: タンパク質 IgG-binding protein SBI


分子量: 8123.308 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 198-266 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sbi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99RL2, UniProt: Q931F4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of Sbi domain 4. NMR-derived ensemble of twenty structures.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-15N TOCSY
1413D HNHA
1523D CBCA(CO)NH
1623D HN(CA)CB
1723D HNCO
1823D HN(CA)CO
1923D C(CO)NH
11023D H(CCO)NH
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D HBHA(CO)NH
11323D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 1 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
25 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 1 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
5 mMMES1
100 mMsodium chloride1
1 mMEDTA1
1 mMbenzamidine1
5 mMMES2
100 mMsodium chloride2
1 mMEDTA2
1 mMbenzamidine2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.1025.5ambient 289 K
20.1025.5ambient 289 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMRVariancollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AnalysisCCPNデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: refine.py in Xplor-NIH
代表構造選択基準: rmsd from average + energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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