[日本語] English
万見
- PDB-2jvf: Solution structure of M7, a computationally-designed artificial p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jvf
タイトルSolution structure of M7, a computationally-designed artificial protein
要素de novo protein M7
キーワードDE NOVO PROTEIN / tetrapeptide fragment-based protein design / artificial fold
機能・相同性top7, de novo designed protein / top7, de novo designed protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Stordeur, C. / Dalluege, R. / Birkenmeier, O. / Wienk, H. / Rudolph, R. / Lange, C. / Luecke, C.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: The NMR solution structure of the artificial protein M7 matches the computationally designed model
著者: Stordeur, C. / Dalluege, R. / Birkenmeier, O. / Wienk, H. / Rudolph, R. / Lange, C. / Luecke, C.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: A tetrapeptide fragment-based design method results in highly stable artificial proteins.
著者: Dalluge, R. / Oschmann, J. / Birkenmeier, O. / Lucke, C. / Lilie, H. / Rudolph, R. / Lange, C.
履歴
登録2007年9月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999Sequence This is a de novo protein. The first four residues (GSHM) are cloning artifacts.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: de novo protein M7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8371
ポリマ－10,8371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 de novo protein M7


分子量: 10837.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-15N HSQC
1423D 1H-15N TOCSY-HSQC
1523D 1H-15N NOESY-HSQC
1622D 1H-15N HTQC
1732D 1H-1H TOCSY
1832D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM M7, 25 mM sodium phosphate, 0.05 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.3 mM [U-98% 15N] M7, 25 mM sodium phosphate, 0.05 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.0 mM M7, 25 mM sodium phosphate, 0.05 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMM71
25 mMsodium phosphate1
0.05 %sodium azide1
1.3 mMM7[U-98% 15N]2
25 mMsodium phosphate2
0.05 %sodium azide2
1.0 mMM73
25 mMsodium phosphate3
0.05 %sodium azide3
試料状態イオン強度: 25 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
Felix2000Accelrys Software Inc.データ解析
DYANA1.5Guntert, P. et al.構造決定
Discover2000Accelrys Software Inc.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る