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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jtr | ||||||
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タイトル | rhodanese persulfide from E. coli | ||||||
![]() | Phage shock protein E | ||||||
![]() | TRANSFERASE / solution structure rhodanese persulfide / Stress response | ||||||
機能・相同性 | ![]() thiosulfate sulfurtransferase / thiosulfate sulfurtransferase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
![]() | Jin, C. / Li, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structures and backbone dynamics of Escherichia coli rhodanese PspE in its sulfur-free and persulfide-intermediate forms: implications for the catalytic mechanism of rhodanese. 著者: Li, H. / Yang, F. / Kang, X. / Xia, B. / Jin, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 542.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 457.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9441.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-13C; U-15N] rhodanese persulfide, 20 mM sodium thiosulfate, 20 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.04 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21 |