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万見
- PDB-2jtp: Solution Structure of the Frameshift-Inducing RNA Stem-Loop in SIV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jtp
タイトルSolution Structure of the Frameshift-Inducing RNA Stem-Loop in SIV
要素SIV17-50 RNA (34-MER)
キーワードRNA / SIV / RNA Stem-Loop / Triloop / Frameshifting / HIV-2
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics, residual dipolar couplings
データ登録者Marcheschi, R.J. / Staple, D.W. / Butcher, S.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Programmed Ribosomal Frameshifting in SIV Is Induced by a Highly Structured RNA Stem-Loop
著者: Marcheschi, R.J. / Staple, D.W. / Butcher, S.E.
履歴
登録2007年8月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIV17-50 RNA (34-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9131
ポリマ－10,9131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 SIV17-50 RNA (34-MER)


分子量: 10912.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcription using purified T7 RNA polymerase and synthetic DNA oligonucleotides

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H TOCSY
1222D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H COSY
1442D 1H-15N HSQC
1542D 1H-13C HSQC
1643D 1H-13C-1H (H)CCH-TOCSY
1743D NOESY-HMQC
183J-MODULATED 1H-13C CT-HSQC
193J-MODULATED 1H-13C CT-HSQC
11012D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM SIV17-50 RNA (34-MER), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM SIV17-50 RNA (34-MER), 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SIV17-50 RNA (34-MER), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SIV17-50 RNA (34-MER), 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSIV17-50 RNA (34-MER)1
1 mMSIV17-50 RNA (34-MER)2
1 mMSIV17-50 RNA (34-MER)[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1 mMSIV17-50 RNA (34-MER)[U-100% 13C; U-100% 15N]4
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DMXBrukerDMX6002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian INOVAVarianINOVA8004
Bruker DMXBrukerDMX5005
Varian INOVAVarianINOVA9006

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
Sparky3.111Goddardpeak picking
Sparky3.111Goddardデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
VNMRVariancollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics, residual dipolar couplings
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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