- PDB-2jsq: Monomeric Human Telomere DNA Tetraplex with 3+1 Strand Fold Topol... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2jsq
タイトル
Monomeric Human Telomere DNA Tetraplex with 3+1 Strand Fold Topology, Two Edgewise Loops and Double-Chain Reversal Loop, Form 2 15BrG, NMR, 10 Structures
要素
HUMAN TELOMERE DNA
キーワード
DNA / G-TETRAD / 3+1 STRAND FOLDING / EDGEWISE / DOUBLE-CHAIN REVERSAL LOOPS / 10 STRUCTURES / 15BrG Form 2
内容: 0.5-5.0 mM HUMAN TELOMERE DNA, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度: 0.5 mM / 構成要素: HUMAN TELOMERE DNA
試料状態
イオン強度: 70 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
VARIAN INOVA
Varian
INOVA
600
1
BRUKER AVANCE
Bruker
AVANCE
800
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
VNMR
6
Varian
collection
Felix
2000
Accelrys
データ解析
X-PLOR
3.851
Brunger, A.T. etal.
精密化
精密化
手法: TORSION ANGLE DYNAMICS CARTESIAN DYNAMICS MATRIX RELAXATION ソフトェア番号: 1 詳細: AFTER DEPOSITION, THE MOLECULES WERE ENERGY MINIMIZED WITH THE ENERGY FUNCTION IMPLEMENTING GEOMETRICAL VALUES IN EFFECT AT RCSB SINCE JULY 31 2007. AS A RESULT, STRUCTURE STATISTICS FOR THIS ...詳細: AFTER DEPOSITION, THE MOLECULES WERE ENERGY MINIMIZED WITH THE ENERGY FUNCTION IMPLEMENTING GEOMETRICAL VALUES IN EFFECT AT RCSB SINCE JULY 31 2007. AS A RESULT, STRUCTURE STATISTICS FOR THIS ENTRY SLIGHTLY DEVIATES FROM THE PUBLISHED ONE, AS FOLLOWS (CURRENT VS PUBLISHED): NOE VIOLATIONS (0.00+-0.00) VS (0.20+-0.42); MAXIMUM VIOLATION (0.00+-0.00) VS (0.25+-0.02); RMSD OF VIOLATIONS (0.02+-0.00) VS (0.02+-0.00); BOND LENGTHS (0.006+-0.000) VS (0.005+-0.000); BOND ANGLES (0.74+-0.01) VS (0.95+-0.02); IMPROPERS (0.38+-0.01) VS (0.44+-0.04); PAIRWISE RMSD: ALL ATOMS (0.68+-0.19) VS (0.80+-0.25); ALL ATOMS EXCEPT T18, T19, A20 (0.45+-0.14) VS (0.49+-0.13).
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10