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万見
- PDB-2jrx: Solution NMR structure of protein YejL from E. coli. Northeast St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jrx
タイトルSolution NMR structure of protein YejL from E. coli. Northeast Structural Genomics target ER309
要素UPF0352 protein yejL
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / homodimer / alpha helix / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0352 / YejL-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1414) / YejL-like / YejL-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / cytosol / UPF0352 protein YejL
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailsstructure of YejL homodimer
データ登録者Cort, J.R. / Zhao, L. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. ...Cort, J.R. / Zhao, L. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Chemical Shift Assignments of E. coli YejL protein.
著者: Cort, J.R. / Montelione, G.T. / Acton, T.B. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0352 protein yejL
B: UPF0352 protein yejL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7352
ポリマ－18,7352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 UPF0352 protein yejL


分子量: 9367.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The protein is a homodimer in solution / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yejL, b2187, JW2175 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: P0AD24

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: structure of YejL homodimer
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D HNHA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
11224d 1H-13C-13C-1H HMQC NOESY
11313D 1H-13C edited-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 5 % D2O, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100 % D2O, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 100% D2O100% D2O
31.5 mM [5% biosynthetically directed 13C labeling; U-100% 15N] protein, 5 % D2O, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMYejL[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5 %D2O1
100 mMsodium chloride1
20 mMammonium acetate1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
5 mMcalcium chloride1
1.5 mMYejL[U-100% 13C; U-100% 15N]2
100 %D2O2
100 mMsodium chloride2
20 mMammonium acetate2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
5 mMcalcium chloride2
1.5 mMYejL[5% biosynthetically directed 13C labeling; U-100% 15N]3
5 %D2O3
100 mMsodium chloride3
20 mMammonium acetate3
10 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
5 mMcalcium chloride3
試料状態イオン強度: 130 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
Felix97Accelrys Software Inc.解析
SparkyGoddardデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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