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万見
- PDB-2jrp: Solution NMR Structure of YfgJ from Salmonella typhimurium Modele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jrp
タイトルSolution NMR Structure of YfgJ from Salmonella typhimurium Modeled with Two Zn+2 Bound, Northeast Structural Genomics Consortium Target StR86
要素Putative cytoplasmic protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / two-zinc binding protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Rubredoxin-like / YfgJ-like / DUF1407/YfgJ-like / DUF1407/YfgJ-like superfamily / Double zinc ribbon / Ribbon / Mainly Beta / Cytoplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Ding, K. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. ...Ding, K. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of YfgJ from Salmonella typhimurium Modeled with Two Zn+2 Bound.
著者: Ding, K. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2007年6月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2923
ポリマ－9,1611
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25structures with the lowest bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative cytoplasmic protein


分子量: 9161.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
生物種: Salmonella typhimurium / 株: LT2, SGSC1412 / 遺伝子: yfgJ, STM2518 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZN54
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1332D 1H-13C HSQC
1413D HNCO
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D HNHA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D C(CO)NH
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11323D 1H-13C NOESY
11423D aromatic 1H-13C NOESY
11524D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM NH4OAc, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM NH4OAc, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % NaN3, 100% D2O100% D2O
31.7 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM NH4OAc, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMNH4OAc1
100 mMNaCl1
10 mMDTT1
5 mMCaCl21
0.02 %NaN31
1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMNH4OAc2
100 mMNaCl2
10 mMDTT2
5 mMCaCl22
0.02 %NaN32
1.7 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]3
20 mMNH4OAc3
100 mMNaCl3
10 mMDTT3
5 mMCaCl23
0.02 %NaN33
試料状態イオン強度: 100 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR NIH2.15.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
AutoStructure2.1.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
Sparky3.1Goddardpeak picking
NMRPipelinux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: DGSA using xplor NIH and then followed by cns water refinement.
NMR constraintsNOE constraints total: 430 / NOE long range total count: 238 / NOE medium range total count: 68 / NOE sequential total count: 124 / Protein phi angle constraints total count: 27 / Protein psi angle constraints total count: 27
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest bond energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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