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- PDB-2jr2: Solution NMR structure of homodimer CPS_2611 from Colwellia psych... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jr2
タイトルSolution NMR structure of homodimer CPS_2611 from Colwellia psychrerythraea. Northeast Structural Genomics Consortium target CsR4.
要素UPF0352 protein CPS_2611
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / dimer / all alpha helix / homodimer / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0352 / YejL-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1414) / YejL-like / YejL-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UPF0352 protein CPS_2611
機能・相同性情報
生物種Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, CNS water refinement
Model detailshomodimer, all alpha helix
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of homodimer CPS_2611 from Colwellia psychrerythraea.
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Montelione, G.A. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2007年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.72024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0352 protein CPS_2611
B: UPF0352 protein CPS_2611


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2102
ポリマ－17,2102
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 UPF0352 protein CPS_2611


分子量: 8604.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
株: 34H / 遺伝子: CPS_2611 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: Q481E4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: homodimer, all helix
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY aliph
1513D HN(CA)CB
1622D 1H-13C HSQC
1734D 1H-13C NOESY
1813D HBHA(CO)NH
1913D HNHA
11013D CBCA(CO)NH
11113D HNCA
11213D HN(CO)CA
11313D HNCO
11413D C(CO)NH
11513D (H)CCH-COSY
11613D (H)CCH-TOCSY
11732D 1H-13C HSQC
11832D 1H-15N HSQC
11943D edited filtered 1H-13C NOESY
12013D 1H-13C NOESY arom

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.1 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 20 mM ammonium acetate, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-13C; U-15N] protein, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 20 mM ammonium acetate, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 20 mM ammonium acetate, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 0.5 mM protein, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-13C; U-15N]1
100 mMsodium chloride1
20 mMammonium acetate1
5 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
5 mMcalcium chloride1
1.1 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
100 mMsodium chloride2
5 mMcalcium chloride2
20 mMammonium acetate2
5 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
1. mMprotein[U-13C; U-15N]3
100 mMsodium chloride3
5 mMcalcium chloride3
20 mMammonium acetate3
5 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
.5 mMprotein-1[U-13C; U-15N]4
100 mMsodium chloride4
5 mMcalcium chloride4
20 mMammonium acetate4
5 mMDTT4
0.02 %sodium azide4
0.5 mMprotein-24
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipelinux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
AutoStructure2.1.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.15.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.1Goddardデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure validation
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing, CNS water refinement / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH, CNS 1.1
NMR constraintsNOE constraints total: 1386 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 464 / NOE medium range total count: 704 / NOE sequential total count: 218 / Hydrogen bond constraints total count: 3 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 106 / Protein psi angle constraints total count: 106
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.02 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.04 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.04 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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