PDB-2jqp: NMR structure determination of Bungatoxin from Bungarus candidus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jqp

タイトル

NMR structure determination of Bungatoxin from Bungarus candidus (Malayan Krait)

要素

Weak toxin 1

キーワード

TOXIN / Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bungarus candidus (コブラ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Vivekanandan, S. / Jois, S.D. / Kini, R.M. / Troncone, L.R.P. / de Magalhaes, L. / Ujikawa, G.Y. / Ramos, A.T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution Structure of Bungatoxin from Bungarus Candidus (Malayan Krait)venom
著者: Vivekanandan, S. / Jois, S.D. / Kini, R.M.

履歴

登録	2007年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年10月12日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jqp.cif.gz	401.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jqp.ent.gz	334.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jqp_validation.pdf.gz	342.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jqp_full_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示
XML形式データ	2jqp_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	2jqp_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/2jqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/2jqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3q51-d 6vuh-d 3q50-d 6e1t-d 4a5x-2 2e3v-2 6sft-d 1nea-d 6e1u-d 1e9t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 15286

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Weak toxin 1

7.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Weak toxin 1 分子量: 7465.750 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 22-86 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bungarus candidus (コブラ) / 参照: UniProt: Q8AY51
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM Bungatoxin from Bangarus Candidus, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: Bungatoxin from Bangarus Candidus
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 5.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Herrmann, Guntert and Wuthrich	構造決定
CYANA	2.1	Herrmann, Guntert and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

Average constraint violations per residue: 0 / Average constraints per residue: 16 / Average distance constraint violation: 0.2 Å / Average torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum distance constraint violation: 3 Å / Maximum lower distance constraint violation: 0.2 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.3 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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