[日本語] English
万見
- PDB-2jqi: NMR Structure of the Rad53 FHA1 domain in complex with a phosphot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jqi
タイトルNMR Structure of the Rad53 FHA1 domain in complex with a phosphothreonien peptide derived from Rad53 SCD1
要素(Serine/threonine-protein kinase RAD53) x 2
キーワードCELL CYCLE / Protein/phosphopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / meiotic recombination checkpoint signaling / dual-specificity kinase / telomere maintenance in response to DNA damage / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / DNA replication initiation / regulation of DNA repair / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / DNA damage checkpoint signaling ...deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / meiotic recombination checkpoint signaling / dual-specificity kinase / telomere maintenance in response to DNA damage / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / DNA replication initiation / regulation of DNA repair / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / protein localization / histone H2AXY142 kinase activity / histone H3Y41 kinase activity / protein kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein serine kinase activity / DNA repair / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rad53 / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Aurora kinase / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Serine/threonine-protein kinase Rad53 / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Aurora kinase / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase RAD53
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yuan, C. / Mahajan, A. / Tsai, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Diphosphothreonine-specific interaction between an SQ/TQ cluster and an FHA domain in the Rad53-Dun1 kinase cascade.
著者: Lee, H. / Yuan, C. / Hammet, A. / Mahajan, A. / Chen, E.S. / Wu, M.R. / Su, M.I. / Heierhorst, J. / Tsai, M.D.
履歴
登録2007年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase RAD53
B: Serine/threonine-protein kinase RAD53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2912
ポリマ－18,2912
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase RAD53 / Serine-protein kinase 1


分子量: 17093.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD53, MEC2, SAD1, SPK1 / プラスミド: pGEX-4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P22216, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase RAD53 / Serine-protein kinase 1


分子量: 1197.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: UniProt: P22216, non-specific serine/threonine protein kinase
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-13C NOESY
1213D 13C/15N-filtered (f1), 13C-edited (f3) NOESY
1323D 13C/15N-filtered (f1), 13C-edited (f3) NOESY
1423D 13C-edited (f1), 13C/15N-filtered (f3) NOESY
1512D 13C/15N-filtered (f1,f2) NOESY
1622D 13C/15N-filtered (f1,f2) NOESY
1712D 13C/15N-filtered (f1,f2) TOCSY
1822D 13C/15N-filtered (f1,f2) TOCSY
1922D 13C/15N-filtered (f1,f2) COSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 0.8 mM peptide, 10 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 0.8 mM peptide, 10 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity_1[U-13C; U-15N]1
0.8 mMentity_21
10 mMsodium phosphate1
1 mMDTT1
1 mMEDTA1
0.5 mMentity_1[U-13C; U-15N]2
0.8 mMentity_22
10 mMsodium phosphate2
1 mMDTT2
1 mMEDTA2
試料状態イオン強度: 10 mM sodium phosphate / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T. et al.構造決定
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
NMRViewJohnson, B.A. et al.データ解析
CNS1.1Brunger, A.T. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る