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万見
- PDB-2jqd: Structure of the Leucine-Rich Repeat domain of LANP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jqd
タイトルStructure of the Leucine-Rich Repeat domain of LANP
要素Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
キーワードGENE REGULATION / PROTEIN BINDING / LANP/Anp32a / LRR domain / phosphoprotein / PP2A inhibitor / tumor suppression / transcriptional regulation / RNA shuttling / apoptosis / cerebellar morphogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / nuclear matrix / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsThe Leucine-Rich Repeat domain (LRR) of Leucine rich Acidic Nuclear Protein (LANP/Anp32a)
データ登録者de Chiara, C. / Pastore, A.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2008
タイトル: Structural bases for recognition of Anp32/LANP proteins
著者: de Chiara, C. / Menon, R.P. / Pastore, A.
#1: ジャーナル: Cerebellum / 年: 2005
タイトル: The Anp32 family of proteins containing leucine-rich repeats
著者: Matilla, A. / Radrizzani, M.
#2: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2007
タイトル: NMR assignment of the Leucine-Rich Repeat domain of LANP/Anp32a
著者: de Chiara, C. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Pastore, A.
履歴
登録2007年5月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2141
ポリマ－19,2141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1regularity of secondary sturctures

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要素

#1: タンパク質 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A / Potent heat-stable protein phosphatase 2A inhibitor I1PP2A / Acidic nuclear phosphoprotein pp32 / ...Potent heat-stable protein phosphatase 2A inhibitor I1PP2A / Acidic nuclear phosphoprotein pp32 / Leucine-rich acidic nuclear protein / PHAPI / MAPM


分子量: 19213.932 Da / 分子数: 1 / 断片: The N-terminal LRR domain of LANP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Anp32a, Anp32, Lanp / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: O35381

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The Leucine-Rich Repeat domain (LRR) of Leucine rich Acidic Nuclear Protein (LANP/Anp32a)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1233D 1H-13C NOESY
1312D J-MODULATED 1H-15N HSQC
1412D J-MODULATED 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-98% 15N] LANP LRR domain, 10 mM TRIS, 2 mM TCEP, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-98% 15N] LANP LRR domain, 10 mM TRIS, 2 mM TCEP, 100 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
30.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] LANP LRR domain, 10 mM TRIS, 2 mM TCEP, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMLANP LRR domain[U-98% 15N]1
10 mMTRIS1
2 mMTCEP1
90 %H2O1
10 %D2O[U-99% 2H]1
0.02 %sodium azide1
0.5 mMLANP LRR domain[U-98% 15N]2
10 mMTRIS2
2 mMTCEP2
100 %D2O[U-99% 2H]2
0.02 %sodium azide2
0.5 mMLANP LRR domain[U-98% 13C; U-98% 15N]3
10 mMTRIS3
2 mMTCEP3
90 %H2O3
10 %D2O[U-99% 2H]3
0.02 %sodium azide3
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: water refinement
代表構造選択基準: regularity of secondary sturctures
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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