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- PDB-2jpw: Solution structure of the bisphosphorylated cardiac specific N-ex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jpw
タイトルSolution structure of the bisphosphorylated cardiac specific N-extension of cardiac troponin I
要素Troponin I, cardiac muscle
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / POLY (L-PROLINE) II HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


Striated Muscle Contraction / regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / troponin T binding / contractile muscle fiber / cardiac myofibril / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction / regulation of muscle contraction ...Striated Muscle Contraction / regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / troponin T binding / contractile muscle fiber / cardiac myofibril / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction / regulation of muscle contraction / Ion homeostasis / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myofibril / skeletal muscle contraction / vasculogenesis / calcium channel inhibitor activity / cardiac muscle contraction / striated muscle contraction / sarcomere / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / heart development / protein domain specific binding / protein kinase binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin I, cardiac muscle
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Howarth, J.W. / Rosevear, P.R. / Meller, J. / Solaro, R.J. / Trewhella, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Phosphorylation-dependent conformational transition of the cardiac specific N-extension of troponin I in cardiac troponin
著者: Howarth, J.W. / Meller, J. / Solaro, R.J. / Trewhella, J. / Rosevear, P.R.
履歴
登録2007年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Troponin I, cardiac muscle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5581
ポリマ－3,5581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Troponin I, cardiac muscle / Cardiac troponin I


分子量: 3557.606 Da / 分子数: 1 / 断片: N-extension, residues 1-32 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein is naturally in Mus Musculus (mouse). / 参照: UniProt: P48787

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1412D DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 5 mM mM troponin I (1-32) PP, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 5 mM / 構成要素: troponin I (1-32) PP
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000Accelrys Software Inc.解析
X-PLOR NIH2.9.6Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
Sparky3.11Goddardデータ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 362 restraints, 283 are NOE-derived distance constraints, 75 dihedral angle restraints, 4 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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