PDB-2jpf: Bpp3783_115-220

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jpf

タイトル

Bpp3783_115-220

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / all alpha helical protein / type III secretion effector protein / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP

機能・相同性

Protein of unknown function (DUF3120) / Protein of unknown function DUF3220 / DUF3220 superfamily / Protein of unknown function (DUF3120) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing

Model details

Bordetella Parapertussis effector protein subdomain II

データ登録者

Shaw, G.S. / Revington, M.J. / Savichenko, A. / Arrowsmith, C.H. / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Bpp3783_115-220
著者: Revington, M.J. / Shaw, G.S. / Savichenko, A. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2007年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status Item: _pdbx_database_status.deposit_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jpf.cif.gz	748.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jpf.ent.gz	642 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jpf_validation.pdf.gz	349.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jpf_full_validation.pdf.gz	561.3 KB	表示
XML形式データ	2jpf_validation.xml.gz	59.8 KB	表示
CIF形式データ	2jpf_validation.cif.gz	75.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/2jpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/2jpf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5h20-d 5ke9-d 2z14-d 5ef9-d 2my9-d 2z13-d 2kz4-d 4jhg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 14543.103 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues, 115-220 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌) 遺伝子: BPP3783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7W485

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: Bordetella Parapertussis effector protein subdomain II

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D C(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HNCA
1	7	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	3D H(CCO)NH
1	9	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 500 mM NaCl, 10 mM TRIS, 10 uM Zn++, 1 mM Benzamidine, 0.01 % NaN3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	entity	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
500 mM	NaCl		1
10 mM	TRIS		1
10 uM	Zn++		1
1 mM	Benzamidine		1
0.01 %	NaN3		1

試料状態

イオン強度: 1 / pH: 7.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	v2.3	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView	5.2.2	Johnson, One Moon Scientific	データ解析
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	geometry optimization
VNMR	6.1c	Varian	collection

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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