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万見
- PDB-2jp2: Solution structure and resonance assignment of the N-terminal EVH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jp2
タイトルSolution structure and resonance assignment of the N-terminal EVH1 domain from the human Spred2 protein (Sprouty-related protein with EVH1 domain isoform 2)
要素Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / EVH1 domain / solution structure / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of intracellular signal transduction / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / transport vesicle membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of MAPK cascade ...negative regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of intracellular signal transduction / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / transport vesicle membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Regulation of RAS by GAPs / protein kinase binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
c-Kit-binding domain / SPRE, EVH1 domain / KBD domain profile. / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 ...c-Kit-binding domain / SPRE, EVH1 domain / KBD domain profile. / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsSolution structure determination and 1H, 13C, 15N resonance assignments of the human Spred2 EVH1 ...Solution structure determination and 1H, 13C, 15N resonance assignments of the human Spred2 EVH1 domain (residues GS-(1-124))
データ登録者Fossi, M. / Zimmermann, J. / Jarchau, T. / Lemak, A. / Walter, U. / Wiegelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Oschkinat, H. ...Fossi, M. / Zimmermann, J. / Jarchau, T. / Lemak, A. / Walter, U. / Wiegelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Oschkinat, H. / Ball, L.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2004
タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignment of the human Spred2 EVH1 domain
著者: Zimmermann, J. / Jarchau, T. / Walter, U. / Oschkinat, H. / Ball, L.J.
履歴
登録2007年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.62024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2171
ポリマ－14,2171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 2 / Spred-2


分子量: 14217.053 Da / 分子数: 1 / 断片: EVH1/WH1 domain, sequence database residues 1-124 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPRED2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / Variant (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7Z698

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure determination and 1H, 13C, 15N resonance assignments of the human Spred2 EVH1 domain (residues GS-(1-124))
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D CBCA(CO)NH
1323D CBCANH
1423D H(CCO)NH
1523D C(CO)NH
1623D HNCO
1733D (H)CCH-TOCSY
1813D HNHA
1913D HNHB
11042D 1H-1H TOCSY
11142D DQF-COSY
11242D 1H-1H NOESY
11313D 1H-15N NOESY
11423D 1H-13C NOESY
11533D 1H-13C NOESY
11612D 3JHNHa series
11712D 15N T1 series
11812D 15N T2 series

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] Spred2 EVH1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Spred2 EVH1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Spred2 EVH1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
41 mM [U-100% 15N] Spred2 EVH1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSpred2 EVH1[U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
0.1 %sodium azide1
1 mMSpred2 EVH1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
0.1 %sodium azide2
1 mMSpred2 EVH1[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
0.1 %sodium azide3
1 mMSpred2 EVH1[U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate4
50 mMsodium chloride4
0.1 %sodium azide4
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XWIN-NMR2.6Bruker Biospincollection
ANSIG3.3Kraulisデータ解析
ANSIG3.3Kraulischemical shift assignment
ANSIG3.3Kraulispeak picking
ANSIG3.3Kraulisintegration
Azara2.1Boucherデータ解析
Azara2.1Boucherpeak picking
PSVS1.3Hang, Montelione, et al.精密化
PSVS1.3Hang, Montelione, et al.structure validation
X-PLOR NIH2.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Manual structure refinement, Refinement in explicit water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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