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万見
- PDB-2joz: Solution NMR structure of protein yxeF, Northeast Structural Geno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2joz
タイトルSolution NMR structure of protein yxeF, Northeast Structural Genomics Consortium target Sr500a
要素Hypothetical protein yxeF
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / GFT / NESG / Lipoprotein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性Protein of unknown function DUF3255 / Protein of unknown function (DUF3255) / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta / Uncharacterized protein YxeF
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wu, Y. / Liu, G. / Zhang, Q. / Bhatnagar, S. / Chen, C. / Nwosu, C. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Locke, J. / Ma, L. ...Wu, Y. / Liu, G. / Zhang, Q. / Bhatnagar, S. / Chen, C. / Nwosu, C. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Locke, J. / Ma, L. / Swapna, G. / Baran, M. / Acton, T. / Montelione, G. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of protein yxeF , Northeast Structural Genomics Consortium target Sr500a
著者: Wu, Y. / Liu, G. / Zhang, Q. / Bhatnagar, S. / Chen, C. / Nwosu, C. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Locke, J. / Ma, L. / Swapna, G. / Baran, M. / Acton, T. / Montelione, G. / Szyperski, T.
履歴
登録2007年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.62024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yxeF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4441
ポリマ－15,4441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yxeF


分子量: 15444.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yxeF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54945

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114,3D, GFT HNNCABCA
1214,3D, GFT CABCACONNH
1314,3D, GFT (H)CCH COSY
1413D, 15N-13C RESOLVED SIMULTANIOUS NOESY
1513D HNCO
1621H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] entity, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMentity[U-10% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 100mM / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipe9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AutoStructure1Huang, Swapana, Rajan, Ke, Xia, Shukla, Inouye and Montelione構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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