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- PDB-2jod: Pac1-Rshort N-terminal EC domain Pacap(6-38) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jod
タイトルPac1-Rshort N-terminal EC domain Pacap(6-38) complex
要素
  • Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide
  • Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of response to reactive oxygen species / development of primary female sexual characteristics / pituitary adenylate cyclase activating polypeptide activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / positive regulation of growth hormone secretion / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of cAMP-mediated signaling / NGF-independant TRKA activation / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide hormone activity ...negative regulation of response to reactive oxygen species / development of primary female sexual characteristics / pituitary adenylate cyclase activating polypeptide activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / positive regulation of growth hormone secretion / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of cAMP-mediated signaling / NGF-independant TRKA activation / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide hormone activity / neuropeptide binding / G protein-coupled peptide receptor activity / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / insulin secretion / peptide hormone receptor binding / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / peptide hormone binding / adenylate cyclase binding / negative regulation of cell cycle / bicellular tight junction / positive regulation of protein kinase activity / neuropeptide signaling pathway / multicellular organismal response to stress / activation of adenylate cyclase activity / cAMP-mediated signaling / positive regulation of GTPase activity / caveola / female pregnancy / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / small GTPase binding / Glucagon-type ligand receptors / regulation of protein localization / neuron projection development / response to estradiol / cell-cell signaling / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / spermatogenesis / perikaryon / response to ethanol / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / cell differentiation / receptor complex / endosome / response to xenobiotic stimulus / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, pituitary adenylate cyclase activating polypeptide type 1 receptor / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain ...GPCR, family 2, pituitary adenylate cyclase activating polypeptide type 1 receptor / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide / Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Olejniczak, E.T. / Sun, C. / Song, D. / Davis-Taber, R.A. / Barrett, L.W. / Scott, V.E. / Richardson, P.L. / Pereda-lopez, A. / Uchic, M.E. / Solomon, L.R. ...Olejniczak, E.T. / Sun, C. / Song, D. / Davis-Taber, R.A. / Barrett, L.W. / Scott, V.E. / Richardson, P.L. / Pereda-lopez, A. / Uchic, M.E. / Solomon, L.R. / Lake, M.R. / Walter, K.A. / Hajduk, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Solution structure and mutational analysis of pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide binding to the extracellular domain of PAC1-RS.
著者: Sun, C. / Song, D. / Davis-Taber, R.A. / Barrett, L.W. / Scott, V.E. / Richardson, P.L. / Pereda-Lopez, A. / Uchic, M.E. / Solomon, L.R. / Lake, M.R. / Walter, K.A. / Hajduk, P.J. / Olejniczak, E.T.
履歴
登録2007年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor
B: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0262
ポリマ－16,0262
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2600 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8790 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor / PACAP type I receptor / PACAP-R-1


分子量: 11989.428 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCYAP1R1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41586
#2: タンパク質・ペプチド Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide


分子量: 4036.815 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues, 137-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCYAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18509

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] pac1-R N-terminal EC domain, 0.5 mM PACAP (6-38), 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMpac1-R N-terminal EC domain[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 mMPACAP (6-38)1
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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