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万見
- PDB-2jo6: NMR structure of the E.coli protein NirD, Northeast Structural Ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jo6
タイトルNMR structure of the E.coli protein NirD, Northeast Structural Genomics target ET100
要素Nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / all beta / ISP domain / Rieske iron-sulfur protein / 3-layer sandwich / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (NADH) / nitrite reductase [NAD(P)H] activity / nitrite reductase complex [NAD(P)H] / anaerobic respiration / nitrate assimilation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADH-nitrite reductase subunit D family profile. / Rieske-like [2Fe-2S] domain, NirD-type / Nitrite reductase (NADH) small subunit / Rieske-like [2Fe-2S] domain / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrite reductase (NADH) small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsnitrite reductase small subunit.
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Yee, A.A. / Guido, V. / Lukin, J.A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of E.coli NirD.
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Yee, A.A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2007年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.52024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7661
ポリマ－12,7661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit


分子量: 12766.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nirD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9I8, nitrite reductase [NAD(P)H]

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: nitrite reductase small subunit
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC
1413D HN(CA)CB
1513D 1H-13C NOESY
1624D CC NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C] protein, 10 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM ZINC ION, 10 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 13C] protein, 10 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM ZINC ION, 10 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-100% 13C]1
10 mMTRIS1
300 mMsodium chloride1
10 uMZINC ION1
10 mMDTT1
0.01 %sodium azide1
1 mMprotein[U-100% 13C]2
10 mMTRIS2
300 mMsodium chloride2
10 uMZINC ION2
10 mMDTT2
0.01 %sodium azide2
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoStructure2.1.1Huang, Swapana, Rajan, Ke, Xia, Shukla, Inouye and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.15.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.1Goddardpeak picking
NMRPipelinux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: simulated annealing using NIH xplor, followed by cns water refinement.
NMR constraintsNOE constraints total: 912 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 643 / NOE medium range total count: 170 / NOE sequential total count: 99
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: -0.03 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.02 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.001 Å / Distance rms dev error: 0.0001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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