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万見
- PDB-2jnb: Solution Structure of RNA-binding protein 15.5K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jnb
タイトルSolution Structure of RNA-binding protein 15.5K
要素NHP2-like protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / splicing / kink-turn RNA-binding protein / nhpx
機能・相同性
機能・相同性情報


U4atac snRNP / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component / box C/D methylation guide snoRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U4 snRNA binding / box C/D snoRNP assembly / U3 snoRNA binding / precatalytic spliceosome ...U4atac snRNP / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component / box C/D methylation guide snoRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U4 snRNA binding / box C/D snoRNP assembly / U3 snoRNA binding / precatalytic spliceosome / rRNA modification in the nucleus and cytosol / single fertilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / ATPase binding / ribosomal small subunit biogenesis / nucleolus / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30/S12 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like ...Ribosomal protein L30/S12 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NHP2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Soss, S.E. / Flynn, P.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Functional Implications for a Prototypical K-Turn Binding Protein from Structural and Dynamical Studies of 15.5K
著者: Soss, S.E. / Flynn, P.F.
履歴
登録2007年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NHP2-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0261
ポリマ－16,0261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 NHP2-like protein 1 / High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein / OTK27 / hSNU13


分子量: 16025.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHP2L1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P55769

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D CBCA(CO)NH
1323D HNCO
1423D HNCA
1523D HN(CA)CB
1623D HN(CO)CA
2712D 1H-13C HSQC
2813D C(CO)NH
2913D HBHA(CO)NH
21013D (H)CCH-TOCSY
21113D (H)CCH-COSY
21213D 1H-15N NOESY
21313D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.1 % sodium azide, 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium phosphate, 1.6 mM protein, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.1 % sodium azide, 200 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 0.9 mM [U-98% 13C, U-98% 15N] protein, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 %sodium azide1
100 mMsodium chloride1
100 mMsodium phosphate1
1.6 mMentity1
0.1 %sodium azide2
200 mMsodium chloride2
50 mMsodium phosphate2
.9 mMentity[U-98% 13C; U-98% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
12506ambient 293 K
22006ambient 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97Accelrys Software Inc.解析
Sparky3.111Goddardchemical shift assignment
Sparky3.111Goddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1090 / NOE long range total count: 229 / NOE medium range total count: 148 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 100 / Protein psi angle constraints total count: 100
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.35 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.25 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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