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万見
- PDB-2jmh: NMR solution structure of Blo t 5, a major mite allergen from Blo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jmh
タイトルNMR solution structure of Blo t 5, a major mite allergen from Blomia tropicalis
要素Mite allergen Blo t 5
キーワードALLERGEN / Dust mites / Blomia tropicalis / blo t 5 / Group 5
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homotrimerization / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #970 / Mite allergen, group 5/21 / Mite allergen, group 5/21 superfamily / Mite allergen Blo t 5 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mite allergen Blo t 5
類似検索 - 構成要素
生物種Blomia tropicalis (ダニ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsAssigned chemical shift entry.
データ登録者Naik, M.T. / Chang, C. / Kuo, I. / Chua, K. / Huang, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Roles of Structure and Structural Dynamics in the Antibody Recognition of the Allergen Proteins: An NMR Study on Blomia tropicalis Major Allergen
著者: Naik, M.T. / Chang, C.F. / Kuo, I.C. / Kung, C.C. / Yi, F.C. / Chua, K.Y. / Huang, T.H.
履歴
登録2006年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mite allergen Blo t 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0591
ポリマ－14,0591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mite allergen Blo t 5 / Blo t 5 / Blo t 5


分子量: 14058.818 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 18-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blomia tropicalis (ダニ) / 遺伝子: BLOT5 / プラスミド: pGEX4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / キーワード: Mite group 5 allergen / 参照: UniProt: O96870

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Assigned chemical shift entry.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNHA
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-13C NOESY
1432D 1H-1H NOESY
15215N HSQC
162TOCSY HSQC
17215N edited NOESY-HSQC
182HMBC
192HMQC
110413C Constant Time HSQC
111515N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C, U-15N] Blo t 5, 50 mM Potassium Phosphate, 100 mM Sodium Chloride, 2 mM EDTA, 0.001 % Sodium Azide, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-15N] Blo t 5, 50 mM Potassium Phosphate, 100 mM Sodium Chloride, 2 mM EDTA, 0.001 % Sodium Azide, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM Blo t 5, 50 mM Potassium Phosphate, 100 mM Sodium Chloride, 2 mM EDTA, 0.001 % Sodium Azide, 100% D2O100% D2O
40.8 mM [U-10% 13C] Blo t 5, 50 mM Potassium Phosphate, 100 mM Sodium Chloride, 2 mM EDTA, 0.001 % Sodium Azide, 100% D2O100% D2O
50.8 mM [15N]-Lys,Leu Blo t 5, 50 mM Potassium Phosphate, 100 mM Sodium Chloride, 2 mM EDTA, 0.001 % Sodium Azide, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBlo t 5[U-13C; U-15N]1
50 mMPotassium Phosphate1
100 mMSodium Chloride1
2 mMEDTA1
0.001 %Sodium Azide1
1 mMBlo t 5[U-15N]2
50 mMPotassium Phosphate2
100 mMSodium Chloride2
2 mMEDTA2
0.001 %Sodium Azide2
1 mMBlo t 53
50 mMPotassium Phosphate3
100 mMSodium Chloride3
2 mMEDTA3
0.001 %Sodium Azide3
0.8 mMBlo t 5[U-10% 13C]4
50 mMPotassium Phosphate4
100 mMSodium Chloride4
2 mMEDTA4
0.001 %Sodium Azide4
0.8 mMBlo t 5[15N]-Lys,Leu5
50 mMPotassium Phosphate5
100 mMSodium Chloride5
2 mMEDTA5
0.001 %Sodium Azide5
試料状態pH: 7.5 / 温度: 295 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker DRXBrukerDRX6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Sparky3.112Goddard構造決定
Sparky3.112Goddardデータ解析
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Model 21 is the average structure created in MolMol without energy minimization. Model 1 should be treated as the representative conformer.
NMR constraintsNOE constraints total: 1901 / NOE intraresidue total count: 368 / NOE long range total count: 153 / NOE medium range total count: 269 / NOE sequential total count: 316 / Hydrogen bond constraints total count: 156 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 26 / Protein phi angle constraints total count: 93 / Protein psi angle constraints total count: 93
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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