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万見
- PDB-2jmc: Chimer between Spc-SH3 and P41 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jmc
タイトルChimer between Spc-SH3 and P41
要素Spectrin alpha chain, brain and P41 peptide chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / chimer / Spc-SH3 / P41
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain ...Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsChimer between Spc-SH3 and decapeptide P41 starting from circular permutant S19P20s
データ登録者van Nuland, N.A.J. / Candel, A.M. / Martinez, J.C. / Conejero-Lara, F. / Bruix, M.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2007
タイトル: The high-resolution NMR structure of a single-chain chimeric protein mimicking a SH3-peptide complex
著者: Candel, A.M. / Conejero-Lara, F. / Martinez, J.C. / van Nuland, N.A.J. / Bruix, M.
履歴
登録2006年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
Remark 999 SEQUENCE The author states that the chimera is based on a circular permutant of alpha-spectrin ... SEQUENCE The author states that the chimera is based on a circular permutant of alpha-spectrin SH3, named S19P20s from PDB entry 1TUC. The original N- and C-terminus of alpha-spectrin are connected and new N- and C-termini are introduced. Residues 5-47 correspond to residues 20-62 in PDB entry 1TUC. Residues 50-63 correspond to residues 4-17 in PDB entry 1TUC. S64 corresponds to residue 19 from PDB entry 1TUC. Residues 68-77 correspond to P41 peptide, see PDB entry 2JMA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin alpha chain, brain and P41 peptide chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4631
ポリマ－8,4631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Spectrin alpha chain, brain and P41 peptide chimera / Spectrin / non-erythroid alpha chain / Fodrin alpha chain


分子量: 8462.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPTAN1, SPTA2 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07751

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Chimer between Spc-SH3 and decapeptide P41 starting from circular permutant S19P20s
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D HN(CA)CB
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1623D 1H-15N NOESY
1723D 1H-15N TOCSY
1832D 1H-1H NOESY
1922D 1H-15N HSQC
11022D 1H-15N HSQC
11113D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SPCp41, 20 mM glycine, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-98% 15N] SPCp41, 20 mM glycine, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM SPCp41, 20 mM glycine, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSPCp41[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMglycine1
1 mMSPCp41[U-98% 15N]2
20 mMglycine2
1 mMSPCp413
20 mMglycine3
試料状態pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303.150000 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddard構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnsonデータ解析
NMRViewJohnson構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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