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- PDB-2jlb: Xanthomonas campestris putative OGT (XCC0866), complex with UDP- ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jlb
タイトルXanthomonas campestris putative OGT (XCC0866), complex with UDP- GlcNAc phosphonate analogue
要素XCC0866
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN O-GLCNACYLATION / OGT / GT-B / TPR REPEAT / GLYCOSYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11380 / O-GlcNAc transferase, C-terminal / Glycosyl transferase family 41 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Glycogen Phosphorylase B; / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe ...Rossmann fold - #11380 / O-GlcNAc transferase, C-terminal / Glycosyl transferase family 41 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Glycogen Phosphorylase B; / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-UDM / O-GlcNAc transferase C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV. CAMPESTRIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schuettelkopf, A.W. / Clarke, A.J. / van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural Insights Into Mechanism and Specificity of O-Glcnac Transferase.
著者: Clarke, A.J. / Hurtado-Guerrero, R. / Pathak, S. / Schuttelkopf, A.W. / Borodkin, V. / Shepherd, S.M. / Ibrahim, A.F.M. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2008年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XCC0866
B: XCC0866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,2057
ポリマ－122,8492
非ポリマー1,3565
水2,684149
1
A: XCC0866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0853
ポリマ－61,4251
非ポリマー6602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: XCC0866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1204
ポリマ－61,4251
非ポリマー6963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.860, 100.527, 154.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUHISHISAA102 - 118102 - 118
21GLUGLUHISHISBB102 - 118102 - 118
12LEULEULEULEUAA131 - 144131 - 144
22LEULEULEULEUBB131 - 144131 - 144
13ALAALATHRTHRAA185 - 198185 - 198
23ALAALATHRTHRBB185 - 198185 - 198
14VALVALALAALAAA200 - 258200 - 258
24VALVALALAALABB200 - 258200 - 258
15PROPROTYRTYRAA305 - 342305 - 342
25PROPROTYRTYRBB305 - 342305 - 342
16GLYGLYARGARGAA351 - 368351 - 368
26GLYGLYARGARGBB351 - 368351 - 368
17GLYGLYLEULEUAA377 - 422377 - 422
27GLYGLYLEULEUBB377 - 422377 - 422
18PROPROVALVALAA440 - 533440 - 533
28PROPROVALVALBB440 - 533440 - 533
19ALAALAALAALAAA539 - 560539 - 560
29ALAALAALAALABB539 - 560539 - 560

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.876299, 0.481721, -0.006676), (0.481718, 0.87593, -0.026352), (-0.006847, -0.026308, -0.99963)
ベクター: 39.69, -9.649, 25.084)

-
要素

#1: タンパク質 XCC0866


分子量: 61424.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV. CAMPESTRIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PC69
#2: 化合物 ChemComp-UDM / URIDINE-DIPHOSPHATE-METHYLENE-N-ACETYL-GLUCOSAMINE / ((2S,3R,4R,5S,6R)-3-ACETAMIDO-4,5-DIHYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL)METHYLPHOSPHONIC (((2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL PHOSPHORIC) ANHYDRIDE / (5′-ウリジル酸)[2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノシルメチルホスホン酸]無水物


分子量: 605.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H29N3O16P2
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: 83 MM CHES PH 9.0, 20.8% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 43895 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0069精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VSY

2vsy


解像度: 2.5→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 18.611 / SU ML: 0.204 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.545 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 903 2.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.211 42804 95.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8342 0 81 149 8572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0218677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.95911862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.30851096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50622.481391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.029151243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3121582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.55468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94428679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5333209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.614.53183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1288tight positional0.050.05
2B1288tight positional0.050.05
1A1147medium positional0.080.5
2B1147medium positional0.080.5
1A1288tight thermal0.080.5
2B1288tight thermal0.080.5
1A1147medium thermal0.12
2B1147medium thermal0.12
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.374 66
Rwork0.276 3067
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44020.03180.68450.84290.5315.6959-0.0105-0.5258-0.03650.1792-0.20820.42470.1085-1.58580.21870.1937-0.12670.06770.4519-0.09250.25435.0026-6.9968-1.2728
21.4601-0.19310.09181.04060.47530.79250.03570.08960.0535-0.0024-0.02740.05110.02-0.0861-0.0082-0.0773-0.02180.0008-0.08880.0305-0.100418.694221.42-10.7013
31.08530.1399-0.14011.0134-0.06521.5528-0.025-0.0085-0.12770.08770.0269-0.19150.19340.1051-0.0018-0.03220.0283-0.0326-0.0969-0.0059-0.046440.34363.1264-4.2515
41.741-0.4689-1.34040.66530.2951.63150.07960.11690.0241-0.1287-0.19560.04060.08990.09380.1160.08230.05270.0068-0.00190.0720.006732.023-13.380226.4962
51.17610.278-0.2170.8377-0.31161.258-0.0279-0.09590.06820.12760.0519-0.0202-0.07610.0761-0.0241-0.04-0.0106-0.0026-0.0676-0.003-0.061533.785418.48835.1121
61.7280.63950.24431.26650.2391.6876-0.06610.09070.1625-0.00930.14090.3901-0.1286-0.252-0.0748-0.07810.03450.00410.06430.10140.06515.845212.6428.9845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2A164 - 359
3X-RAY DIFFRACTION2A542 - 567
4X-RAY DIFFRACTION3A360 - 541
5X-RAY DIFFRACTION4B21 - 163
6X-RAY DIFFRACTION5B164 - 359
7X-RAY DIFFRACTION5B542 - 568
8X-RAY DIFFRACTION6B360 - 541

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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