PDB-2jjy: Crystal structure of Francisella tularensis enoyl reductase (ftFa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jjy

タイトル

Crystal structure of Francisella tularensis enoyl reductase (ftFabI) with bound NAD

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

FRANCISELLA TULARENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Luckner, S.R. / Lu, H. / Truglio, J.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Slow-Onset Inhibition of the Fabi Enoyl Reductase from Francisella Tularensis: Residence Time and in Vivo Activity
著者: Lu, H. / England, K. / Am Ende, C. / Truglio, J.J. / Luckner, S.R. / Marlenee, N. / Knudson, S.E. / Knudson, D.L. / Bowen, R.A. / Kisker, C. / Slayden, R.A. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2008年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jjy.cif.gz	190 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jjy.ent.gz	153 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jjy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jjy_validation.pdf.gz	750.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jjy_full_validation.pdf.gz	768.6 KB	表示
XML形式データ	2jjy_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	2jjy_validation.cif.gz	48.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5jou-d 2o1x-2 5htk-d 6jml-2 5jov-d 6dzs-2 2dwp-1 6ouw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE

ヘテロ分子

116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.006, 99.454, 111.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	2 - 190
2	1	1	4	B	2 - 190
3	1	1	4	C	2 - 190
4	1	1	4	D	2 - 190
1	1	2	4	A	210 - 256
2	1	2	4	B	210 - 256
3	1	2	4	C	210 - 256
4	1	2	4	D	210 - 256

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.3624, 0.7155, -0.5973), (0.7231, -0.1885, -0.6645), (-0.588, -0.6728, -0.4491)	-15.96, 16.3, 2.61
2	given	(-0.7557, 0.2715, 0.5959), (0.2755, -0.6938, 0.6654), (0.5941, 0.6671, 0.4495)	-39.14, -9.74, 20.67
3	given	(0.1312, -0.9913, 0.005114), (-0.9914, -0.1312, -0.000349), (0.001017, -0.005024, -1)	-20.98, -23.96, 22.93
4	given	(-0.364, 0.7118, -0.6007), (0.7233, -0.1903, -0.6638), (-0.5868, -0.6761, -0.4456)	-15.91, 16.25, 2.584
5	given	(-0.7534, 0.2738, 0.5978), (0.2762, -0.6933, 0.6656), (0.5967, 0.6666, 0.4467)	-39.02, -9.81, 20.78
6	given	(0.1226, -0.9925, -0.001494), (-0.9925, -0.1226, -0.002326), (0.002125, 0.001768, -1)	-21.01, -23.84, 23.09

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE / ENOYL REDUCTASE / NADH 分子量: 28906.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 6XHISTIDINE AT C-TERMINUS / 由来: (天然) FRANCISELLA TULARENSIS (バクテリア) 参照: UniProt: Q14I55, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.05 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: PEG 3350, MG ACETATE., pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.105
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.105 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→36.32 Å / Num. obs: 24222 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 49.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019 24/04/2001	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→36.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.826 / SU B: 39.833 / SU ML: 0.345 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A194 - A204 DISORDERED; RESIDUES B196 - B211 DISORDERED; RESIDUES C193 - C207 DISORDERED; RESIDUES D193 - C204 DISORDERED; ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.281	1231	5.12 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.206	24222	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.897 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.244 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.141 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→36.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7531	0	44	0	7575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	7712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.962	10423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.028	5	995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.776	24.625	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.868	15	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.572	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	5315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.431	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.417	1.5	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.697	2	7875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.985	3	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.551	4.5	2547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1417	medium positional	0.38	0.5
1	2	B	1417	medium positional	0.37	0.5
1	3	C	1417	medium positional	0.38	0.5
1	4	D	1417	medium positional	0.44	0.5
2	1	A	328	medium positional	0.34	0.5
2	2	B	328	medium positional	0.35	0.5
2	3	C	328	medium positional	0.41	0.5
2	4	D	328	medium positional	0.34	0.5
1	1	A	1417	medium thermal	0.51	2
1	2	B	1417	medium thermal	0.46	2
1	3	C	1417	medium thermal	0.49	2
1	4	D	1417	medium thermal	0.48	2
2	1	A	328	medium thermal	0.51	2
2	2	B	328	medium thermal	0.5	2
2	3	C	328	medium thermal	0.61	2
2	4	D	328	medium thermal	0.54	2

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	93	-
R_work	0.259	1620	-
obs	-	-	98.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9283	-0.1175	-0.8982	1.0792	-0.6753	1.4539	-0.0612	0.1954	-0.1021	-0.1361	0.0605	-0.0083	0.068	-0.0057	0.0007	-0.0945	0.0229	-0.0012	-0.0605	-0.0287	-0.0779	-1.515	-6.1323	-0.828
2	1.8174	0.0952	-0.645	1.5612	-0.2864	0.918	0.0238	-0.0861	0.2121	0.1765	0.0115	0.0442	-0.3793	0.0052	-0.0353	0.0002	0.0238	-0.0091	-0.1097	-0.0301	-0.0771	-20.2714	16.8208	6.474
3	1.3429	0.038	-0.4821	1.5385	-0.5856	1.1829	-0.0229	0.2351	-0.0511	-0.1392	0.0145	0.1388	0.046	-0.338	0.0084	-0.0929	0.0143	-0.0345	-0.0397	-0.0173	-0.0743	-39.8863	-6.2226	15.0483
4	1.6542	0.2353	-0.6079	1.1673	-0.5264	1.5282	0.0046	-0.1067	-0.112	0.2146	-0.0781	-0.1673	0.0369	0.1557	0.0735	-0.0581	0.0427	-0.0143	-0.1088	0.0001	-0.0923	-15.4058	-22.6883	22.6828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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