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- PDB-2jjx: THE CRYSTAL STRUCTURE OF UMP KINASE FROM BACILLUS ANTHRACIS (BA1797) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jjx
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF UMP KINASE FROM BACILLUS ANTHRACIS (BA1797)
要素URIDYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / ATP-BINDING / URIDYLATE KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / OPPF / PYRH / KINASE / CYTOPLASM / OXFORD PROTEIN PRODUCTION FACILITY (OPPF) / STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE (SPINE)
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, bacteria / Uridylate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uridylate kinase / Uridylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Meier, C. / Carter, L.G. / Mancini, E.J. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Esnouf, R.M. / Oxford Protein Production Facility (OPPF) / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of Ump Kinase from Bacillus Anthracis (Ba1797) Reveals an Allosteric Nucleotide-Binding Site.
著者: Meier, C. / Carter, L.G. / Sainsbury, S. / Mancini, E.J. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Esnouf, R.M.
履歴
登録2008年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年5月24日Group: Structure summary
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URIDYLATE KINASE
B: URIDYLATE KINASE
C: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5347
ポリマ－84,9883
非ポリマー1,5464
水2,558142
1
A: URIDYLATE KINASE
B: URIDYLATE KINASE
C: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子

A: URIDYLATE KINASE
B: URIDYLATE KINASE
C: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,06814
ポリマ－169,9766
非ポリマー3,0928
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area19140 Å2
ΔGint-136.3 kcal/mol
Surface area69060 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.300, 87.300, 383.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.50059, 0.86567, 0.00523), (-0.86568, -0.50056, -0.00554), (-0.00218, -0.0073, 0.99997)82.788, 7.587, -0.43
2given(-0.49555, -0.86822, -0.02504), (0.86843, -0.49579, 0.00392), (-0.01582, -0.01981, 0.99968)49.819, -68.801, 0.222

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要素

#1: タンパク質 URIDYLATE KINASE / UMP KINASE


分子量: 28329.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 株: AMES / プラスミド: GATEWAY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: Q81S73, UniProt: A0A6L7HKK4*PLUS, UMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 10% POLYETHYLENE GLYCOL 3000, 0.1 M IMIDAZOLE (PH 8.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.886
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→50 Å / Num. obs: 21872 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.82→2.93 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z9D

1z9d


解像度: 2.82→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: REGIONS 20-23 AND 171-176 IN EACH CHAIN ARE POORLY ORDERED AND CLASH BETWEEN SYMMETRY RELATED COPIES RESIDUE PHE106 IN A AND B CHAINS CLASH WITH EACH OTHER WHILE RESIDUE PHE106 IN C CHAIN HAS ...詳細: REGIONS 20-23 AND 171-176 IN EACH CHAIN ARE POORLY ORDERED AND CLASH BETWEEN SYMMETRY RELATED COPIES RESIDUE PHE106 IN A AND B CHAINS CLASH WITH EACH OTHER WHILE RESIDUE PHE106 IN C CHAIN HAS A SYMMETRY RELATED CLASH WITH ITSELF THE ACTIVE SITE OF EACH CHAIN CONTAINS UNMODELLED ELECTRON DENSITY PRESUMED TO BE ATP WEAKLY BOUND IN THE ABSENCE OF BOUND UMP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1094 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs-21612 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5673 0 94 142 5909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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