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万見
- PDB-2jii: Structure of vaccinia related kinase 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jii
タイトルStructure of vaccinia related kinase 3
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE VRK3 MOLECULE: VACCINIA RELATED KINASE 3
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PSEUDO KINASE DOMAIN / VACCINIA RELATED KINASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / VRK3 / KINASE (キナーゼ) / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ERKs are inactivated / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / 核小体 / 核質 / ATP binding ...ERKs are inactivated / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / 核小体 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Zinc-ribbon domain / zinc-ribbon domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Zinc-ribbon domain / zinc-ribbon domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactive serine/threonine-protein kinase VRK3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Eswaran, J. / Pike, A.C.W. / Uppenberg, J. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Cooper, C. / Salah, E. / Savitsky, P. / Burgess-Brown, N. ...Bunkoczi, G. / Eswaran, J. / Pike, A.C.W. / Uppenberg, J. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Cooper, C. / Salah, E. / Savitsky, P. / Burgess-Brown, N. / Keates, T. / Fedorov, O. / Sobott, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure of the pseudokinase VRK3 reveals a degraded catalytic site, a highly conserved kinase fold, and a putative regulatory binding site.
著者: Scheeff, E.D. / Eswaran, J. / Bunkoczi, G. / Knapp, S. / Manning, G.
履歴
登録2007年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE VRK3 MOLECULE: VACCINIA RELATED KINASE 3
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE VRK3 MOLECULE: VACCINIA RELATED KINASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1137
ポリマ－79,8032
非ポリマー3105
水9,260514
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE VRK3 MOLECULE: VACCINIA RELATED KINASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0884
ポリマ－39,9021
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE VRK3 MOLECULE: VACCINIA RELATED KINASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0263
ポリマ－39,9021
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.258, 54.423, 91.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 141 - 472 / Label seq-ID: 19 - 350

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.10368, 0.01602, -0.99448), (-0.0082, 0.99982, 0.01697), (0.99458, 0.00991, -0.10353)
ベクター: 141.35913, -12.82482, -39.77009)

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE VRK3 MOLECULE: VACCINIA RELATED KINASE 3


分子量: 39901.578 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 146-474 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q8IV63, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 123-145 BELONG TO AN UNCLEAVED HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH=7.5 2.0 M AMMONIUMFORMATE, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0331
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.8 Å / Num. obs: 60969 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0034精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ENSEMBLE

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.389 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 3092 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 57853 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.27 Å2
2---1.27 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5111 0 20 514 5645
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2651.9697181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9338867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9755643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.59124.098244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80915873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8431529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.23734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.22530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22632
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2010.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.04733326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.01455227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.36482246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.95111954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1882medium positional0.230.5
2406loose positional0.55
1882medium thermal0.812
2406loose thermal0.8810
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.311 237
Rwork0.271 4009
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5613-0.5987-0.12472.71090.74370.7511-0.0239-0.09830.33980.07110.1744-0.0326-0.04380.0708-0.1505-0.1003-0.001-0.0105-0.03730.01930.113266.954229.229748.379
22.9253-0.0584-0.08142.02060.07950.8504-0.0240.2177-0.23490.0240.02770.1220.0802-0.08-0.0038-0.12330.00490.0076-0.0744-0.0091-0.036659.69278.651239.775
31.01610.07790.09362.0203-0.53992.21260.00130.015-0.0188-0.03940.1156-0.0004-0.0247-0.0294-0.1168-0.06820.00260.0233-0.1115-0.0174-0.1186.51716.296721.6835
41.0816-0.2543-0.36711.76560.21351.8008-0.0081-0.00030.0686-0.01320.0561-0.10120.07020.1358-0.048-0.06130.0007-0.0091-0.1221-0.0126-0.129795.9627-4.020615.6224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A141 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2A263 - 472
3X-RAY DIFFRACTION3B137 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4B263 - 472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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