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万見
- PDB-2ji6: X-ray structure of Oxalyl-CoA decarboxylase in complex with 3-dea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ji6
タイトルX-ray structure of Oxalyl-CoA decarboxylase in complex with 3-deaza- ThDP and oxalyl-CoA
要素OXALYL-COA DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / FLAVOPROTEIN / DECARBOXYLASE / THIAMIN DIPHOSPHATE-DEPENDENT / SUBSTRATE COMPLEX / OXALATE DEGRADATION / THIAMINE PYROPHOSPHATE / NON- OXIDATIVE DECARBOXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / oxalate catabolic process / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / ADP binding / peroxisome / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Oxalyl-CoA decarboxylase / TPP-binding domain containing protein HACL1-like / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain ...Oxalyl-CoA decarboxylase / TPP-binding domain containing protein HACL1-like / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / OXALYL-COENZYME A / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-TPW / Oxalyl-CoA decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種OXALOBACTER FORMIGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Berthold, C.L. / Toyota, C.G. / Moussatche, P. / Wood, M.D. / Leeper, F. / Richards, N.G.J. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystallographic Snapshots of Oxalyl-Coa Decarboxylase Give Insights Into Catalysis by Nonoxidative Thdp-Dependent Decarboxylases
著者: Berthold, C.L. / Toyota, C.G. / Moussatche, P. / Wood, M.D. / Leeper, F. / Richards, N.G.J. / Lindqvist, Y.
履歴
登録2007年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
B: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,79414
ポリマ－121,5002
非ポリマー4,29412
水16,358908
1
A: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
B: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
ヘテロ分子

A: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
B: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,58728
ポリマ－242,9994
非ポリマー8,58824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area28380 Å2
ΔGint-171.6 kcal/mol
Surface area77380 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)127.002, 127.002, 151.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.001919, -0.000965), (-0.001839, -0.9971, -0.07672), (-0.001109, -0.07672, 0.9971)
ベクター: 120.1, -1.825, -0.00512)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 OXALYL-COA DECARBOXYLASE / OXALYL-COENZYMEA DECARBOXYLASE


分子量: 60749.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) OXALOBACTER FORMIGENES (バクテリア)
プラスミド: PET9A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40149, oxalyl-CoA decarboxylase

-
非ポリマー , 7種, 920分子

#2: 化合物 ChemComp-TPW / 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 3-DEAZA-THDP / 3-デアザチアミン二りん酸


分子量: 423.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N3O7P2S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-OXK / OXALYL-COENZYME A


分子量: 839.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H36N7O19P3S
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.083
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月19日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSING CYLINDRICAL MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE ASYMMETRICALLY CUT SI(111) CRYSTAL WITH HORIZONTAL DIFFRACTION PLANE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.083 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→152 Å / Num. obs: 84850 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 24.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.06→2.17 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 74.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C31

2c31


解像度: 2.06→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.892 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 3994 4.7 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 80775 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å21.46 Å20 Å2
2--2.91 Å20 Å2
3----4.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8348 0 272 908 9528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3882.00612067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9053.00114585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76151148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66924.855344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.939151486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7521548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.26517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.24365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.24412
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1280.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.10737260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32348966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48643788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.89753086
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 230
Rwork0.273 4789
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0894-0.2034-0.03720.87850.35531.56170.00110.04950.01740.1407-0.0226-0.02660.2377-0.01480.0215-0.1765-0.0680.0054-0.08270.0084-0.134163.7937-17.7597-5.1947
20.2174-0.1219-0.03630.96070.00821.43430.00710.01020.01360.1229-0.03450.0497-0.1892-0.26320.0274-0.19410.00680.0058-0.0491-0.0336-0.129956.390516.18-3.8966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 565
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 565

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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