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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ji2 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of E114A mutant of superoxide reductase from Desulfoarculus baarsii in the native, reduced form | ||||||
![]() | Desulfoferrodoxin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / RAMAN SPECTROSCOPY / SUPEROXIDE REDUCTASE / INTERMEDIATE TRAPPING / MICROSPECTROPHOTOMETRY / DETOXIFICATION / ELECTRON TRANSPORT / IRON / TRANSPORT / REDOX STATES / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() superoxide reductase / superoxide reductase activity / removal of superoxide radicals / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Katona, G. / Carpentier, P. / Niviere, V. / Amara, P. / Adam, V. / Ohana, J. / Tsanov, N. / Bourgeois, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Raman-assisted crystallography reveals end-on peroxide intermediates in a nonheme iron enzyme. 著者: Katona, G. / Carpentier, P. / Niviere, V. / Amara, P. / Adam, V. / Ohana, J. / Tsanov, N. / Bourgeois, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 14118.362 Da / 分子数: 4 / 変異: E114A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: dfx, rbo, Deba_2050 / プラスミド: PMLE47A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 584分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-NO3 / #4: 化合物 | ChemComp-FE2 / #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 113 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 113 TO ALA ...ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 16% PEG 4000, 100 MM TRIS/HNO3 PH9.0, 0.2 M CA(NO3)2 AND 25MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, 20 C, pH 9.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→47.4 Å / Num. obs: 62357 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 82.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1VZI 解像度: 1.7→47.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3796608.16 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD AMPLITUDE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.5748 Å2 / ksol: 0.367168 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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