PDB-2jhj: 3-methyladenine dna-glycosylase from Archaeoglobus fulgidus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jhj

タイトル

3-methyladenine dna-glycosylase from Archaeoglobus fulgidus

要素

3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE

キーワード

HYDROLASE / ALKA / DNA REPAIR / N1-METHYLADENINE / N3-METHYLCYTOSINE / HYPERTHERMOPHILES / ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-7-methylguanine glycosylase activity / alkylated DNA binding / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Leiros, I. / Nabong, M.P. / Grosvik, K. / Ringvoll, J. / Haugland, G.T. / Uldal, L. / Reite, K. / Olsbu, I.K. / Knaevelsrud, I. / Moe, E. ...

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Enzymatic Excision of N1-Methyladenine and N3-Methylcytosine from DNA
著者: Leiros, I. / Nabong, M.P. / Grosvik, K. / Ringvoll, J. / Haugland, G.T. / Uldal, L. / Reite, K. / Olsbu, I.K. / Knaevelsrud, I. / Moe, E. / Andersen, O.A. / Birkeland, N.K. / Ruoff, P. / ...

履歴

登録	2007年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jhj.cif.gz	142.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jhj.ent.gz	112.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jhj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jhj_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jhj_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	2jhj_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	2jhj_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/2jhj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/2jhj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jhnSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qyb-d 1dla-4 4fma-11 1vzd-d 1dla-1 1dgp-2 1udi-d 4p17-1 1dla-3 1b0u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE

B: 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.890, 48.850, 104.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE / ALKA 分子量: 34299.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: VC 16 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28163, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % 解説: THE STARTING MODEL WAS A MERCURY DERIVATIVE SOLVED BY SAD
結晶化	詳細: 0.1M BICINE, PH9.0 10% W/V PEG20000 2% V/V DIOXANE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.919
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 53742 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JHN

2jhn

解像度: 1.9→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 3.333 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A290-A294 AND B290-B293 ARE DISORDERED THE TWO PROTEIN MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE RELATED BY A PSEUDO-TRANSLATIONAL VECTOR (0.5, 0. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	2711	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.184	50786	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	-0.19 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4762	0	28	571	5361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.961	6658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.346	5	591
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.745	22.648	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.673	15	905
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.734	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	3429
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.055	1.5	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.533	2	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.439	3	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.734	4.5	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.322	196
R_work	0.247	3666

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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