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万見
- PDB-2jhb: CORE BINDING FACTOR BETA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jhb
タイトルCORE BINDING FACTOR BETA
要素PROTEIN (CORE BINDING FACTOR BETA)
キーワードGENE REGULATION / CORE BINDING FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates bone development / RUNX3 regulates p14-ARF / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / core-binding factor complex ...Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates bone development / RUNX3 regulates p14-ARF / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / core-binding factor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / Regulation of RUNX3 expression and activity / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / lymphocyte differentiation / Estrogen-dependent gene expression / myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / cell maturation / ossification / protein polyubiquitination / osteoblast differentiation / transcription coactivator activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A; / Core binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Core-binding factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Huang, X. / Peng, J. / Speck, N.A. / Bushweller, J.H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of core binding factor beta and map of the CBF alpha binding site.
著者: Huang, X. / Peng, J.W. / Speck, N.A. / Bushweller, J.H.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Overexpression, purification, and biophysical characterization of the heterodimerization domain of the core-binding factor beta subunit.
著者: Huang, X. / Crute, B.E. / Sun, C. / Tang, Y.Y. / Kelley 3rd, J.J. / Lewis, A.F. / Hartman, K.L. / Laue, T.M. / Speck, N.A. / Bushweller, J.H.
#2: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 1998
タイトル: Complete heteronuclear NMR resonance assignments and secondary structure of core binding factor beta (1-141).
著者: Huang, X. / Speck, N.A. / Bushweller, J.H.
履歴
登録1999年3月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年11月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CORE BINDING FACTOR BETA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7581
ポリマ－16,7581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CORE BINDING FACTOR BETA) / CBFB


分子量: 16757.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: AR58 / 遺伝子: CBFB141 / プラスミド: PGRXCBFB141 / 遺伝子 (発現宿主): GRXCBFB141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AR58 / 参照: UniProt: Q08024

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HSQC
121HN(CA)CB
131HN(CO)CACB
141HN(CA)HA
151HNCA
161HN(CO)CA
171HNCO
181CT-HSQC
191C(CO)NNH
1101H(CCO)NNH
1111(H)CCH-TOCSY
1121(HB)CB(CGCD)HD
1131(HB)CB(CGCDCE)HE
1141HNHA
1151HNHB
1161HACAHB
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 15N/ 13C AND 15N-LABELED RECOMBINANT CBFB(141)

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
OPALLUGINBUHL,GUNTERT,BILLETER,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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