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万見
- PDB-2jh8: The structure of bluetongue virus VP4 reveals a multifunctional R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jh8
タイトルThe structure of bluetongue virus VP4 reveals a multifunctional RNA- capping production-line
要素VP4 CORE PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / GUANYLYLTRANSFERASE / VIRAL CAPPING ENZYME / CORE PROTEIN / VIRION PROTEIN / METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral outer capsid / viral capsid
類似検索 - 分子機能
Orbivirus VP4 core protein, C-terminal domain / Orbivirus VP4 core / Orbivirus VP4 core, C-terminal / Orbivirus VP4 core protein / Monooxygenase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Orbivirus VP4 core protein, C-terminal domain / Orbivirus VP4 core / Orbivirus VP4 core, C-terminal / Orbivirus VP4 core protein / Monooxygenase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Core protein VP4 / Core protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種BLUETONGUE VIRUS 10 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Sutton, G. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Roy, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Bluetongue Virus Vp4 is an RNA-Capping Assembly Line.
著者: Sutton, G. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Roy, P.
履歴
登録2007年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.02024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP4 CORE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2624
ポリマ－75,5021
非ポリマー7603
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.055, 75.055, 419.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 VP4 CORE PROTEIN / BLUETONGUE VIRUS VP4


分子量: 75501.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BLUETONGUE VIRUS 10 (ISOLATE USA) (ウイルス)
株: BTV-10
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07132, UniProt: Q65751*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / m7GDP


分子量: 458.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O11P2
#3: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
構成要素の詳細THE VP4 PROTEIN IS ONE OF THE FIVE PROTEINS (WITH VP1, VP3, VP6 AND VP7) WHICH FORMS THE INNER ...THE VP4 PROTEIN IS ONE OF THE FIVE PROTEINS (WITH VP1, VP3, VP6 AND VP7) WHICH FORMS THE INNER CAPSID OF THE VIRUS. VP4 CAPS VIRAL RNA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
解説: THIS STRUCTURE IS A LIGAND (7MGDP) SOAK. THE ADOHCY (HIGH RESOLUTION) AND 7MGDP STRUCTURES WERE ISOMORPHOUS SO THIS STRUCTURE WAS SOLVED FROM THE ADOHCY - IT DID NOT REQUIR MOLECULAR ...解説: THIS STRUCTURE IS A LIGAND (7MGDP) SOAK. THE ADOHCY (HIGH RESOLUTION) AND 7MGDP STRUCTURES WERE ISOMORPHOUS SO THIS STRUCTURE WAS SOLVED FROM THE ADOHCY - IT DID NOT REQUIR MOLECULAR REPLACEMENT. VP4-7MGDP CRYSTALS ARE ISOMORPHOUS WITH VP4-ADOHCY CRYSTALS
結晶化pH: 7.7
詳細: 100 MM IMIDAZOLE PH 8.0, 2%-8% PROPAN-2-OL, 0-250 MM NACL, 50 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 11731 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3.22→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34125 590 4.8 %RANDOM
Rwork0.24553 ---
obs0.24553 11731 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20.81 Å20 Å2
2--1.62 Å20 Å2
3----2.43 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.736 Å / Luzzati d res low obs: 25 Å / Luzzati sigma a obs: 0.776 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5040 0 51 0 5091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.956
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.5371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.9422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.1893
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.9694.5
LS精密化 シェル解像度: 3.217→3.299 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 42 39.9 %
Rwork0.294 821 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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