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- PDB-2jh3: The crystal structure of DR2241 from Deinococcus radiodurans at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jh3
タイトルThe crystal structure of DR2241 from Deinococcus radiodurans at 1.9 A resolution reveals a multi-domain protein with structural similarity to chelatases but also with two additional novel domains
要素RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / CBIX / SAD PHASING / STRUCTURAL GENOMICS / CHELATASE SUPER-FAMILY FOLD / 4FE-4S IRON-SULPHUR CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / ribosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #190 / Alpha-Beta Plaits - #2320 / Co/Fe-chelatase, CbiX-related / DR2241 stabilising domain / DR2241, 4Fe-4S iron-sulfur cluster binding domain / 4Fe-4S iron-sulfur cluster binding domain / DR2241 stabilising domain / : / Sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX-like / CbiX ...Gyrase A; domain 2 - #190 / Alpha-Beta Plaits - #2320 / Co/Fe-chelatase, CbiX-related / DR2241 stabilising domain / DR2241, 4Fe-4S iron-sulfur cluster binding domain / 4Fe-4S iron-sulfur cluster binding domain / DR2241 stabilising domain / : / Sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX-like / CbiX / Rossmann fold - #1400 / Gyrase A; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ribosomal protein S2-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S. / Mcsweeney, S.M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of Dr2241 from Deinococcus Radiodurans at 1.9 A Resolution Reveals a Multi-Domain Protein with Structural Similarity to Chelatases But Also with Two Additional Novel Domains
著者: Leiros, H.-K.S. / Mcsweeney, S.M.
履歴
登録2007年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
B: RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
C: RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
D: RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,6818
ポリマ－204,2744
非ポリマー1,4074
水17,727984
1
A: RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
C: RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8414
ポリマ－102,1372
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
D: RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8414
ポリマ－102,1372
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.780, 128.690, 135.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN


分子量: 51068.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RS86
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 984 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細2 RESIDUES FROM THE HIS-TAG GLY AND ALA ARE PRESENT FOR ALL 4 CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 8.8 / 詳細: 17-20% PEG3350 AND 0.15-0.20 M MGCL2., pH 8.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 168727 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.019 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME RESIDUES ARE LEFT OUT IN THE DEPOSITED MODEL. THERE ARE 2 EXTRA RESIDUES FROM THE HIS-TAG IN THE N- TERMINUS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 3400 2 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 165141 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13982 0 32 984 14998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.02113965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8411.96619070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.993329948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67651807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92821.952579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.343152030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.79715152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.22181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.22847
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.213051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.26546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.28169
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2510.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4380.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4881.511382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.775214321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65635523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8684.54701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 262
Rwork0.273 12115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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