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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jh3 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of DR2241 from Deinococcus radiodurans at 1.9 A resolution reveals a multi-domain protein with structural similarity to chelatases but also with two additional novel domains | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN S2-RELATED PROTEIN | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN / CBIX / SAD PHASING / STRUCTURAL GENOMICS / CHELATASE SUPER-FAMILY FOLD / 4FE-4S IRON-SULPHUR CLUSTER | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leiros, H.-K.S. / Mcsweeney, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Dr2241 from Deinococcus Radiodurans at 1.9 A Resolution Reveals a Multi-Domain Protein with Structural Similarity to Chelatases But Also with Two Additional Novel Domains 著者: Leiros, H.-K.S. / Mcsweeney, S.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 376.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 304.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 483.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 533.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 110.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51068.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | 2 RESIDUES FROM THE HIS-TAG GLY AND ALA ARE PRESENT FOR ALL 4 CHAINS. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | pH: 8.8 / 詳細: 17-20% PEG3350 AND 0.15-0.20 M MGCL2., pH 8.80 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 168727 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME RESIDUES ARE LEFT OUT IN THE DEPOSITED MODEL. THERE ARE 2 EXTRA RESIDUES FROM THE HIS-TAG IN THE N- TERMINUS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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