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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jgv | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF Staphylococcus aureus D-TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE in complex with ADP | ||||||
要素 | TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / D-TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER / CONFORMATIONAL CHANGES / KINASE / LACTOSE METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphofructokinase activity / tagatose-6-phosphate kinase / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Miallau, L. / Hunter, W.N. / McSweeney, S.M. / Leonard, G.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Structures of Staphylococcus Aureus D-Tagatose-6-Phosphate Kinase Implicate Domain Motions in Specificity and Mechanism. 著者: Miallau, L. / Hunter, W.N. / Mcsweeney, S.M. / Leonard, G.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jgv.cif.gz | 259 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jgv.ent.gz | 208.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jgv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2jgv_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2jgv_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2jgv_validation.xml.gz | 51.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2jgv_validation.cif.gz | 73.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jgv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36195.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0B9, tagatose-6-phosphate kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→32.8 Å / Num. obs: 87737 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JG2, MONOMER A 解像度: 2→38.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.292 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. BIOLOGICAL ENTITY IS A DIMER. DIMER BC IS SYMMETRIC. DIMER AD IS ASYMMETRIC AS MONOMER D HAS A MORE CLOSED CONFORMATION
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→38.2 Å
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拘束条件 |
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