PDB-2jgt: Low resolution structure of SPT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jgt

タイトル

Low resolution structure of SPT

要素

SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / SPT / PLP / SSPF / SPHINGOLIPID / PYRIDOXAL PHOSPHATE / SERINE PALMITOYL TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / acyltransferase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PAUCIMOBILIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Yard, B.A. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Overton, I.M. / Mcmahon, S.A. / Dorward, M. / Liu, H. / Puech, D. / Oke, M. / Barton, G.J. ...

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Structure of Serine Palmitoyltransferase; Gateway to Sphingolipid Biosynthesis.
著者: Yard, B.A. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Overton, I.M. / Dorward, M. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Oke, M. / Puech, D. / Barton, G.J. / Naismith, J.H. / Campopiano, D.J.

履歴

登録	2007年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jgt.cif.gz	147.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jgt.ent.gz	115.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jgt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jgt_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jgt_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	2jgt_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	2jgt_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jgt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jgt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jg2C 1fc4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1dm0-2 4emy-1 3o3m-1 6bom-1 5td2-d 4lh8-d 6r37-1 6r39-1 4wxb-2 2f49-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

B: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

90.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.866, 109.537, 187.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	22 - 95
2	1	1	1	B	22 - 95
1	1	2	1	A	111 - 146
2	1	2	1	B	111 - 146
1	1	3	1	A	150 - 286
2	1	3	1	B	150 - 286
1	1	4	1	A	294 - 419
2	1	4	1	B	294 - 419

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.01732, -0.84203, 0.53915), (-0.84537, -0.27561, -0.45759), (0.5339, -0.46371, -0.70705)
ベクター: -8.76372, -46.01311, -55.8794)

#1: タンパク質	SERINE PALMITOYLTRANSFERASE 分子量: 45346.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PAUCIMOBILIS (バクテリア) プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS 174 (DES) / 参照: UniProt: Q93UV0, serine C-palmitoyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	詳細: 10% PEG 8K, 0.17 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 19635 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 3→3.07 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FC4

1fc4

解像度: 3→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 43.158 / SU ML: 0.377 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.463
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	996	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25	-	-	-
obs	0.251	18544	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5524	0	0	39	5563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	5628
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.316	1.961	7607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.438	5	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.769	23.537	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.728	15	939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.348	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.231	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.38	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.371	1.5	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.649	2	5764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.65	3	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.118	4.5	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	394	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	394	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	272	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	272	tight positional	0.02	0.05
3	1	A	966	tight positional	0.05	0.05
4	1	A	935	tight positional	0.09	0.05
4	2	B	935	tight positional	0.09	0.05
1	1	A	394	tight thermal	0.04	0.5
1	2	B	394	tight thermal	0.04	0.5
2	1	A	272	tight thermal	0.05	0.5
2	2	B	272	tight thermal	0.05	0.5
3	1	A	966	tight thermal	0.03	0.5
4	1	A	935	tight thermal	0.05	0.5
4	2	B	935	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3→3.07 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	57	-
R_work	0.316	1325	-
obs	-	-	99.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4292	1.4395	-0.9299	3.2229	-1.9016	4.204	0.3858	-0.3886	-0.0111	0.5113	-0.5163	-0.1988	-0.3092	0.7327	0.1305	-0.1805	-0.1811	0.052	-0.1168	0.0162	-0.2134	-5.062	-37.006	-9.479
2	3.6014	1.8144	-0.2181	3.7184	0.9071	2.2458	0.0119	-0.2216	-0.8546	0.2299	0.031	-0.7683	0.1998	0.5893	-0.0428	-0.3023	0.0105	-0.061	-0.1929	0.077	-0.0764	17.224	-27.103	-34.867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 419
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	22 - 419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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