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- PDB-2jg8: Crystallographic structure of human C1q globular heads complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jg8
タイトルCrystallographic structure of human C1q globular heads complexed to phosphatidyl-serine
要素(Complement C1q subcomponent subunit ...) x 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / PHAGOCYTOSIS / DISEASE MUTATION / COMPLEMENT PATHWAY / CELL SURFACE MOLECULE / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / HYDROXYLATION / INNATE IMMUNITY / IMMUNE RESPONSE / COLLAGEN / TOLERANCE / APOPOTOSIS / COMPLEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C1 complex / complement component C1q complex / extrinsic component of postsynaptic membrane / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / extrinsic component of presynaptic membrane / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer ...complement component C1 complex / complement component C1q complex / extrinsic component of postsynaptic membrane / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / extrinsic component of presynaptic membrane / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / complement activation / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / neuron remodeling / complement activation, classical pathway / astrocyte activation / Regulation of Complement cascade / microglial cell activation / synapse organization / cell-cell signaling / : / amyloid-beta binding / blood microparticle / postsynapse / immune response / innate immune response / synapse / glutamatergic synapse / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls ...: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOSERINE / Complement C1q subcomponent subunit A / Complement C1q subcomponent subunit B / Complement C1q subcomponent subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Paidassi, H. / Tacnet-Delorme, P. / Garlatti, V. / Darnault, C. / Ghebrehiwet, B. / Gaboriaud, C. / Arlaud, G.J. / Frachet, P.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2008
タイトル: C1Q Binds Phosphatidylserine and Likely Acts as a Multiligand-Bridging Molecule in Apoptotic Cell Recognition.
著者: Paidassi, H. / Tacnet-Delorme, P. / Garlatti, V. / Darnault, C. / Ghebrehiwet, B. / Gaboriaud, C. / Arlaud, G.J. / Frachet, P.
履歴
登録2007年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年12月5日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C1q subcomponent subunit A
B: Complement C1q subcomponent subunit B
C: Complement C1q subcomponent subunit C
D: Complement C1q subcomponent subunit A
E: Complement C1q subcomponent subunit B
F: Complement C1q subcomponent subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,37410
ポリマ－89,8886
非ポリマー4864
水5,441302
1
A: Complement C1q subcomponent subunit A
B: Complement C1q subcomponent subunit B
C: Complement C1q subcomponent subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2055
ポリマ－44,9443
非ポリマー2612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-55.6 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PQS
2
D: Complement C1q subcomponent subunit A
E: Complement C1q subcomponent subunit B
F: Complement C1q subcomponent subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1695
ポリマ－44,9443
非ポリマー2252
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-54.7 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.090, 48.070, 84.700
Angle α, β, γ (deg.)91.34, 93.34, 113.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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Complement C1q subcomponent subunit ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Complement C1q subcomponent subunit A


分子量: 14985.883 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL GLOBULAR REGION, RESIDUES 112-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02745
#2: タンパク質 Complement C1q subcomponent subunit B


分子量: 15398.522 Da / 分子数: 2 / 断片: C TERMINAL GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 116-251 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02746
#3: タンパク質 Complement C1q subcomponent subunit C


分子量: 14559.454 Da / 分子数: 2 / 断片: C TERMINAL GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 115-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02747

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糖 , 1種, 1分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 305分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO6P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.95 Å / Num. obs: 38993 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.92 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PK6

1pk6


解像度: 2.05→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 4.894 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1948 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 37012 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0.06 Å20.21 Å2
2---0.95 Å2-0.1 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6239 0 27 302 6568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0281.9428703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1845781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44523.973297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64915.015990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3641532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.32951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.54296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.5739
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.363
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.522
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.81224036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28636404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17632652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.55342299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.277 123
Rwork0.184 2349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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