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- PDB-2jfd: Structure of the MAT domain of human FAS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jfd
タイトルStructure of the MAT domain of human FAS
要素FATTY ACID SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / OXIDOREDUCTASE / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / glandular epithelial cell development / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity ...fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / glandular epithelial cell development / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / glycogen granule / Fatty acyl-CoA biosynthesis / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / host-mediated perturbation of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / mammary gland development / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid synthase activity / monocyte differentiation / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / osteoblast differentiation / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain ...Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Kavanagh, K. / Hozjan, V. / Rojkova, A. / Wu, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Smith, S. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for different specificities of acyltransferases associated with the human cytosolic and mitochondrial fatty acid synthases.
著者: Bunkoczi, G. / Misquitta, S. / Wu, X. / Lee, W.H. / Rojkova, A. / Kochan, G. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Smith, S.
履歴
登録2007年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID SYNTHASE
B: FATTY ACID SYNTHASE
C: FATTY ACID SYNTHASE
D: FATTY ACID SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,9474
ポリマ－186,9474
非ポリマー00
水27015
1
A: FATTY ACID SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7371
ポリマ－46,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FATTY ACID SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7371
ポリマ－46,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FATTY ACID SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7371
ポリマ－46,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FATTY ACID SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7371
ポリマ－46,7371
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.980, 92.690, 259.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13B
23C
14A
24D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETSERSER2AA421 - 42723 - 29
211METMETSERSER2BB421 - 42723 - 29
311METMETSERSER2CC421 - 42723 - 29
411METMETSERSER2DD421 - 42723 - 29
121GLNGLNPROPRO2AA440 - 48642 - 88
221GLNGLNPROPRO2BB440 - 48642 - 88
321GLNGLNPROPRO2CC440 - 48642 - 88
421GLNGLNPROPRO2DD440 - 48642 - 88
131ARGARGSERSER2AA490 - 49792 - 99
231ARGARGSERSER2BB490 - 49792 - 99
331ARGARGSERSER2CC490 - 49792 - 99
431ARGARGSERSER2DD490 - 49792 - 99
141GLNGLNPROPRO2AA502 - 654104 - 256
241GLNGLNPROPRO2BB502 - 654104 - 256
341GLNGLNPROPRO2CC502 - 654104 - 256
441GLNGLNPROPRO2DD502 - 654104 - 256
151GLNGLNTHRTHR5AA655 - 677257 - 279
251GLNGLNTHRTHR5BB655 - 677257 - 279
351GLNGLNTHRTHR5CC655 - 677257 - 279
451GLNGLNTHRTHR5DD655 - 677257 - 279
161GLYGLYGLUGLU2AA678 - 719280 - 321
261GLYGLYGLUGLU2BB678 - 719280 - 321
361GLYGLYGLUGLU2CC678 - 719280 - 321
461GLYGLYGLUGLU2DD678 - 719280 - 321
171SERSERGLYGLY2AA725 - 774327 - 376
271SERSERGLYGLY2BB725 - 774327 - 376
371SERSERGLYGLY2CC725 - 774327 - 376
471SERSERGLYGLY2DD725 - 774327 - 376
181CYSCYSPROPRO2AA779 - 818381 - 420
281CYSCYSPROPRO2BB779 - 818381 - 420
381CYSCYSPROPRO2CC779 - 818381 - 420
481CYSCYSPROPRO2DD779 - 818381 - 420
112GLYGLYGLUGLU5AA428 - 43930 - 41
212GLYGLYGLUGLU5BB428 - 43930 - 41
312GLYGLYGLUGLU5CC428 - 43930 - 41
412GLYGLYGLUGLU5DD428 - 43930 - 41
122ALAALAGLUGLU5AA487 - 48989 - 91
222ALAALAGLUGLU5BB487 - 48989 - 91
322ALAALAGLUGLU5CC487 - 48989 - 91
422ALAALAGLUGLU5DD487 - 48989 - 91
132ALAALASERSER5AA720 - 724322 - 326
232ALAALASERSER5BB720 - 724322 - 326
332ALAALASERSER5CC720 - 724322 - 326
432ALAALASERSER5DD720 - 724322 - 326
142LEULEUSERSER5AA775 - 778377 - 380
242LEULEUSERSER5BB775 - 778377 - 380
342LEULEUSERSER5CC775 - 778377 - 380
442LEULEUSERSER5DD775 - 778377 - 380
113GLYGLYTHRTHR2BB498 - 501100 - 103
213GLYGLYTHRTHR2CC498 - 501100 - 103
123VALVALPROPRO5BB819 - 822421 - 424
223VALVALPROPRO5CC819 - 822421 - 424
114GLYGLYTHRTHR2AA498 - 501100 - 103
214GLYGLYTHRTHR2DD498 - 501100 - 103

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99661, 0.08201, 0.00652), (0.05607, 0.61912, 0.78329), (0.0602, 0.781, -0.62162)39.55054, -18.45874, 34.49465
2given(0.15098, 0.5053, 0.84963), (-0.97281, 0.22867, 0.03687), (-0.17565, -0.8321, 0.52608)-43.81604, 57.98491, -81.5965
3given(-0.22265, 0.97472, -0.01865), (0.97488, 0.22273, 0.00227), (0.00636, -0.01767, -0.99982)-17.4661, 18.16736, -54.17027

-
要素

#1: タンパク質
FATTY ACID SYNTHASE


分子量: 46736.711 Da / 分子数: 4 / 断片: MAT DOMAIN, RESIDUES 422-823 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: ANISOTROPIC SCALING WAS PERFORMED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG10K, 0.04 M NAKPO4, 25% GLYCEROL, pH 8.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月6日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.3 Å / Num. obs: 51294 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.35 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.81→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 39.416 / SU ML: 0.347 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2074 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.215 39706 81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11370 0 0 15 11385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02111653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.96415955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.946318233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8451599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.09923.351385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.006151554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5341556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.23333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.27825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.26008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.26212
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2390.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.50638114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.202512662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.8383943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.844113293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2019tight positional0.040.05
12B2019tight positional0.040.05
13C2019tight positional0.050.05
14D2019tight positional0.040.05
31B22tight positional0.040.05
41A22tight positional0.030.05
11A1853medium positional0.640.5
12B1853medium positional0.540.5
13C1853medium positional0.460.5
14D1853medium positional0.530.5
21A140medium positional0.510.5
22B140medium positional0.270.5
23C140medium positional0.440.5
24D140medium positional0.290.5
31B32medium positional0.180.5
41A9medium positional0.180.5
11A60loose positional1.195
12B60loose positional0.995
13C60loose positional0.795
14D60loose positional1.415
21A117loose positional0.895
22B117loose positional0.735
23C117loose positional1.035
24D117loose positional0.735
31B31loose positional0.535
11A2019tight thermal0.792
12B2019tight thermal0.682
13C2019tight thermal0.912
14D2019tight thermal0.652
31B22tight thermal0.472
41A22tight thermal0.672
11A1853medium thermal2.525
12B1853medium thermal2.095
13C1853medium thermal2.615
14D1853medium thermal2.065
21A140medium thermal1.975
22B140medium thermal1.75
23C140medium thermal2.225
24D140medium thermal1.915
31B32medium thermal0.845
41A9medium thermal1.175
11A60loose thermal6.2710
12B60loose thermal4.1410
13C60loose thermal3.8210
14D60loose thermal2.5710
21A117loose thermal3.7410
22B117loose thermal3.4910
23C117loose thermal4.0210
24D117loose thermal3.1210
31B31loose thermal3.3510
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 33 -
Rwork0.28 865 -
obs--23.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65970.9401-1.20963.0121-0.64516.2895-0.12330.10180.198-0.06660.14480.15890.2607-0.3548-0.02150.06690.0789-0.079-0.16920.1048-0.08325.926922.201441.5854
21.2915-0.3517-0.37783.7726-0.97893.4593-0.0575-0.39770.00670.2630.60120.6335-0.3622-0.6988-0.5437-0.30310.12110.00960.22710.21390.101213.01716.4963.4508
34.85360.5304-1.28681.1349-1.96626.2621-0.2370.0210.1225-0.02390.2305-0.01810.308-0.26060.0065-0.0931-0.03510.0426-0.42820.0495-0.212730.6215-11.421973.6014
41.63620.2996-1.75333.3871-1.73753.88210.7387-0.4168-0.1542-0.23350.09350.59370.4176-1.0213-0.8323-0.2787-0.18270.02910.1730.26670.078313.778-9.377573.8647
50.5994-0.0010.17413.7441-1.75311.7082-0.0217-0.0681-0.0905-0.44620.37110.47730.1673-0.6243-0.3494-0.0482-0.1027-0.12950.01910.1236-0.060620.17921.164154.539
63.4805-0.6059-0.87791.1316-0.70696.50830.13-1.0930.04080.5343-0.17760.30970.1037-1.01870.04760.2054-0.0353-0.13930.25040.0998-0.035616.260828.98227.8241
72.42670.0870.88664.35811.10048.9148-0.04410.5152-0.1222-0.238-0.1514-0.2304-1.13151.34280.1955-0.0364-0.1478-0.23590.17940.1463-0.158127.559736.27850.9705
84.4444-0.74473.12512.6882.126710.31490.42742.07450.1052-0.7447-0.35570.82790.0052-1.282-0.07160.25270.0938-0.27560.63180.0660.00129.560633.61-18.6394
920.19-3.2997-1.96285.50420.28665.67660.06681.29790.4092-1.1522-0.233-0.6269-0.18091.02190.16610.44410.0954-0.10460.5598-0.0115-0.418226.472433.9309-17.8715
102.63820.23232.45061.31120.15919.60630.07980.2253-0.335-0.157-0.0650.05630.5494-0.0681-0.0148-0.0810.0027-0.148-0.12270.0448-0.026820.400826.34293.4276
113.14741.9952-0.91075.9908-1.85115.69240.16740.3726-0.2328-0.23280.1140.01250.55780.0027-0.28130.10730.12320.0203-0.2531-0.0456-0.11656.689839.3968-82.9098
121.55020.9727-0.3982.24740.29055.04190.2403-0.0888-0.01990.0606-0.1643-0.3646-0.63060.7352-0.0761-0.085-0.1182-0.0802-0.24350.0491-0.105415.176149.4923-56.2815
131.1565-1.4173-0.2785.81121.22527.4634-0.7205-0.1399-0.10780.18050.75680.01321.12362.0857-0.03620.19810.214-0.1410.2660.0113-0.193617.651929.4964-38.7303
142.0568-1.3629-1.90831.3753.261710.222-0.4302-0.77810.30370.26320.7603-0.76580.19381.3973-0.33010.2095-0.3307-0.1910.0132-0.0239-0.193916.065845.7011-37.3357
151.17960.5215-0.76720.6098-0.38144.83130.19970.0291-0.06550.0616-0.1452-0.24030.22350.1551-0.0545-0.04110.0375-0.1014-0.3726-0.0182-0.14456.066841.4464-57.5244
162.07330.68-0.83440.84480.53156.66340.25290.2028-0.218-0.2532-0.29020.17890.030.10610.03730.07530.023-0.0094-0.2223-0.0349-0.0919-2.005948.1175-95.7535
172.04192.09862.03112.15842.1837.49490.47720.3399-0.2112-0.4327-0.14870.2639-0.0326-0.1806-0.32850.51420.0959-0.16380.0257-0.260.1641-14.767932.4008-117.3013
186.5157-4.118-0.38092.8013-0.60823.65061.03890.41360.23010.14240.05010.48270.1285-0.8034-1.08910.8396-0.0063-0.1690.6136-0.35240.8105-36.746344.4393-128.189
194.206-0.75530.09345.98361.77410.55050.00420.8651-0.0369-1.1020.20290.95430.4143-0.2914-0.20710.73650.0305-0.41670.304-0.32920.4089-30.513528.9547-127.4183
201.07011.25151.70121.84541.58373.13580.19820.03570.0492-0.2096-0.58860.78240.1722-0.68210.39050.3949-0.0527-0.14410.1768-0.29340.3381-21.617438.1372-108.5894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A419 - 489
2X-RAY DIFFRACTION2A490 - 606
3X-RAY DIFFRACTION3A607 - 673
4X-RAY DIFFRACTION4A674 - 703
5X-RAY DIFFRACTION5A704 - 822
6X-RAY DIFFRACTION6B420 - 489
7X-RAY DIFFRACTION7B490 - 606
8X-RAY DIFFRACTION8B607 - 673
9X-RAY DIFFRACTION9B674 - 703
10X-RAY DIFFRACTION10B704 - 822
11X-RAY DIFFRACTION11C420 - 489
12X-RAY DIFFRACTION12C490 - 606
13X-RAY DIFFRACTION13C607 - 673
14X-RAY DIFFRACTION14C674 - 703
15X-RAY DIFFRACTION15C704 - 822
16X-RAY DIFFRACTION16D419 - 489
17X-RAY DIFFRACTION17D490 - 606
18X-RAY DIFFRACTION18D607 - 673
19X-RAY DIFFRACTION19D674 - 703
20X-RAY DIFFRACTION20D704 - 819

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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