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万見
- PDB-2c2n: Structure of human mitochondrial malonyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c2n
タイトルStructure of human mitochondrial malonyltransferase
要素MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE
キーワードTRANSFERASE / FATTY ACID SYNTHASE / LIPID SYNTHESIS / MITOCHONDRION TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial small ribosomal subunit assembly / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / fatty acid biosynthetic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase ...: / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL / 1,2-DIMETHOXYETHANE / Malonyl-CoA-acyl carrier protein transacylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Wu, X. / Bunkoczi, G. / Smee, C. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Different Specificities of Acyltransferases Associated with the Human Cytosolic and Mitochondrial Fatty Acid Synthases.
著者: Bunkoczi, G. / Misquitta, S. / Wu, X. / Lee, W.H. / Rojkova, A. / Kochan, G. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Smith, S.
履歴
登録2005年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE
B: MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,60314
ポリマ－75,3092
非ポリマー1,29512
水10,359575
1
A: MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5879
ポリマ－37,6541
非ポリマー9338
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0165
ポリマ－37,6541
非ポリマー3624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.573, 84.828, 74.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A20 - 339
2115B20 - 339

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99969, 0.02342, 0.00849), (-0.02331, -0.99965, 0.01225), (0.00877, 0.01205, 0.99989)
ベクター: 73.70608, 5.30501, 27.37836)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE / MITOCHRODRIAL MALONYLTRANSFERASE / MCT


分子量: 37654.367 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 60-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IVS2

-
非ポリマー , 6種, 587分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AE4 / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘプタデカン-1-オ-ル


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#4: 化合物 ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細INVOLVED IN THE TRANSFER OF A MALONYL MOIETY FROM MALONYL- COA TO THE FREE THIOL GROUP OF THE ...INVOLVED IN THE TRANSFER OF A MALONYL MOIETY FROM MALONYL- COA TO THE FREE THIOL GROUP OF THE MITOCHONDRIAL ACP PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 32%PEG4000, 0.25M LI2SO4, 100MM TRIS-HCL, PH8.5, SITTING DROP, 293 K, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0038
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0038 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→52 Å / Num. obs: 94082 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 2.44 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MLA

1mla


解像度: 1.55→74.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.914 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 20-22 CHAIN A WERE NOT VISIBLE IN THE DENSITY AND WERE NOT MODELLED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2005 2.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.179 92079 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-1.66 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→74.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4779 0 74 575 5428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.9656795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1775634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23122.905210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79115806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9011535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0841.53209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59125037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73431986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2084.51754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1216medium positional0.190.5
1064loose positional0.545
1216medium thermal1.832
1064loose thermal2.410
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.302 130
Rwork0.285 6465
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0365-0.24850.27211.0937-0.22611.1010.0246-0.031-0.0154-0.0333-0.02990.0735-0.03620.04330.0053-0.094-0.0135-0.0203-0.12810.0118-0.048247.966415.612840.3069
21.56080.21840.69331.0411-0.36442.31620.1826-0.3986-0.04080.1583-0.0612-0.07460.2094-0.2346-0.1214-0.0563-0.0321-0.0011-0.0059-0.0083-0.081127.2429-10.823667.8229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 339
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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