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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jf7 | ||||||
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タイトル | Structure of Strictosidine Glucosidase | ||||||
要素 | STRICTOSIDINE-O-BETA-D-GLUCOSIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ALKALOID / GLUCOSIDASE / STRICTOSIDINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3alpha(S)-strictosidine beta-glucosidase / strictosidine beta-glucosidase activity / alkaloid biosynthetic process / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RAUVOLFIA SERPENTINA (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | ||||||
データ登録者 | Barleben, L. / Panjikar, S. / Ruppert, M. / Koepke, J. / Stockigt, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2007 タイトル: Molecular Architecture of Strictosidine Glucosidase - the Gateway to the Biosynthesis of the Monoterpenoid Indole Alkaloid Family 著者: Barleben, L. / Panjikar, S. / Ruppert, M. / Koepke, J. / Stockigt, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jf7.cif.gz | 206.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jf7.ent.gz | 164.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jf7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/2jf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/2jf7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 2
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.5685, -0.8227, -0.000827), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60959.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RAUVOLFIA SERPENTINA (植物) / プラスミド: PQE-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15-PREP4 参照: UniProt: Q8GU20, 3alpha(S)-strictosidine beta-glucosidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 4.27 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.35 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6 PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.2828 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2828 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→20 Å / Num. obs: 46616 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.48→2.52 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1E1E 解像度: 2.48→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 9.473 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→20 Å
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拘束条件 |
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