PDB-2jer: Agmatine deiminase of Enterococcus faecalis catalyzing its reaction.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jer

タイトル

Agmatine deiminase of Enterococcus faecalis catalyzing its reaction.

要素

AGMATINE DEIMINASE

キーワード

HYDROLASE / AGMATINE DEIMINASE / TETRAMER / AGDI / 5- FOLD PSEUDOSYMMETRIC STRUCTURE / AGMATINE DEGRADATION PATHWAY / COVALENT AMIDINO ADDUCT / AGMATINE IMINOHYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

agmatine deiminase / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tavarez, S. / Llacer, J.L. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2007
タイトル: The Gene Cluster for Agmatine Catabolism of Enterococcus Faecalis: Study of Recombinant Putrescine Transcarbamylase and Agmatine Deiminase and a Snapshot of Agmatine Deiminase Catalyzing its Reaction.
著者: Llacer, J.L. / Polo, L.M. / Tavarez, S. / Alarcon, B. / Hilario, R. / Rubio, V.

履歴

登録	2007年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2007年1月30日	ID: 2J2T
改定 1.0	2007年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jer.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jer.ent.gz	941.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jer	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ewoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ewo-3 2ewo-2 2ewo-1 5hz2-1 2vig-2 3d9d-d 2c12-2 3mpi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AGMATINE DEIMINASE

B: AGMATINE DEIMINASE

C: AGMATINE DEIMINASE

D: AGMATINE DEIMINASE

E: AGMATINE DEIMINASE

F: AGMATINE DEIMINASE

G: AGMATINE DEIMINASE

H: AGMATINE DEIMINASE

352 kDa, 8 ポリマー
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1

A: AGMATINE DEIMINASE

B: AGMATINE DEIMINASE

E: AGMATINE DEIMINASE

F: AGMATINE DEIMINASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
176 kDa, 4 ポリマー
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2

C: AGMATINE DEIMINASE

D: AGMATINE DEIMINASE

G: AGMATINE DEIMINASE

H: AGMATINE DEIMINASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
176 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.727, 130.165, 126.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 11
2	1	1	6	B	1 - 11
3	1	1	6	C	1 - 11
4	1	1	6	D	1 - 11
5	1	1	6	E	1 - 11
6	1	1	6	F	1 - 11
7	1	1	6	G	1 - 11
8	1	1	6	H	1 - 11
1	2	1	2	A	12 - 26
2	2	1	2	B	12 - 26
3	2	1	2	C	12 - 26
4	2	1	2	D	12 - 26
5	2	1	2	E	12 - 26
6	2	1	2	F	12 - 26
7	2	1	2	G	12 - 26
8	2	1	2	H	12 - 26
1	3	1	1	A	27 - 53
2	3	1	1	B	27 - 53
3	3	1	1	C	27 - 53
4	3	1	1	D	27 - 53
5	3	1	1	E	27 - 53
6	3	1	1	F	27 - 53
7	3	1	1	G	27 - 53
8	3	1	1	H	27 - 53
1	4	1	2	A	54 - 76
2	4	1	2	B	54 - 76
3	4	1	2	C	54 - 76
4	4	1	2	D	54 - 76
5	4	1	2	E	54 - 76
6	4	1	2	F	54 - 76
7	4	1	2	G	54 - 76
8	4	1	2	H	54 - 76
1	5	1	1	A	77 - 101
2	5	1	1	B	77 - 101
3	5	1	1	C	77 - 101
4	5	1	1	D	77 - 101
5	5	1	1	E	77 - 101
6	5	1	1	F	77 - 101
7	5	1	1	G	77 - 101
8	5	1	1	H	77 - 101
1	6	1	5	A	102 - 109
2	6	1	5	B	102 - 109
3	6	1	5	C	102 - 109
4	6	1	5	D	102 - 109
5	6	1	5	E	102 - 109
6	6	1	5	F	102 - 109
7	6	1	5	G	102 - 109
8	6	1	5	H	102 - 109
1	7	1	1	A	110 - 125
2	7	1	1	B	110 - 125
3	7	1	1	C	110 - 125
4	7	1	1	D	110 - 125
5	7	1	1	E	110 - 125
6	7	1	1	F	110 - 125
7	7	1	1	G	110 - 125
8	7	1	1	H	110 - 125
1	8	1	4	A	126 - 130
2	8	1	4	B	126 - 130
3	8	1	4	C	126 - 130
4	8	1	4	D	126 - 130
5	8	1	4	E	126 - 130
6	8	1	4	F	126 - 130
7	8	1	4	G	126 - 130
8	8	1	4	H	126 - 130
1	9	1	1	A	131 - 162
2	9	1	1	B	131 - 162
3	9	1	1	C	131 - 162
4	9	1	1	D	131 - 162
5	9	1	1	E	131 - 162
6	9	1	1	F	131 - 162
7	9	1	1	G	131 - 162
8	9	1	1	H	131 - 162
1	10	1	1	A	169 - 183
2	10	1	1	B	169 - 183
3	10	1	1	C	169 - 183
4	10	1	1	D	169 - 183
5	10	1	1	E	169 - 183
6	10	1	1	F	169 - 183
7	10	1	1	G	169 - 183
8	10	1	1	H	169 - 183
1	11	1	1	A	202 - 229
2	11	1	1	B	202 - 229
3	11	1	1	C	202 - 229
4	11	1	1	D	202 - 229
5	11	1	1	E	202 - 229
6	11	1	1	F	202 - 229
7	11	1	1	G	202 - 229
8	11	1	1	H	202 - 229
1	12	1	4	A	230 - 234
2	12	1	4	B	230 - 234
3	12	1	4	C	230 - 234
4	12	1	4	D	230 - 234
5	12	1	4	E	230 - 234
6	12	1	4	F	230 - 234
7	12	1	4	G	230 - 234
8	12	1	4	H	230 - 234
1	13	1	1	A	287 - 324
2	13	1	1	B	287 - 324
3	13	1	1	C	287 - 324
4	13	1	1	D	287 - 324
5	13	1	1	E	287 - 324
6	13	1	1	F	287 - 324
7	13	1	1	G	287 - 324
8	13	1	1	H	287 - 324
1	14	1	4	A	236 - 286
2	14	1	4	B	236 - 286
3	14	1	4	C	236 - 286
4	14	1	4	D	236 - 286
5	14	1	4	E	236 - 286
6	14	1	4	F	236 - 286
7	14	1	4	G	236 - 286
8	14	1	4	H	236 - 286
1	15	1	3	A	325
2	15	1	3	B	325
3	15	1	3	C	325
4	15	1	3	D	325
5	15	1	3	E	325
6	15	1	3	F	325
7	15	1	3	G	325
8	15	1	3	H	325
1	16	1	1	A	326 - 355
2	16	1	1	B	326 - 355
3	16	1	1	C	326 - 355
4	16	1	1	D	326 - 355
5	16	1	1	E	326 - 355
6	16	1	1	F	326 - 355
7	16	1	1	G	326 - 355
8	16	1	1	H	326 - 355
1	17	1	3	A	235
2	17	1	3	B	235
3	17	1	3	C	235
4	17	1	3	D	235
5	17	1	3	E	235
6	17	1	3	F	235
7	17	1	3	G	235
8	17	1	3	H	235
1	18	1	4	A	163 - 168
2	18	1	4	B	163 - 168
3	18	1	4	C	163 - 168
4	18	1	4	D	163 - 168
5	18	1	4	E	163 - 168
6	18	1	4	F	163 - 168
7	18	1	4	G	163 - 168
8	18	1	4	H	163 - 168
1	19	1	2	A	184 - 201
2	19	1	2	B	184 - 201
3	19	1	2	C	184 - 201
4	19	1	2	D	184 - 201
5	19	1	2	E	184 - 201
6	19	1	2	F	184 - 201
7	19	1	2	G	184 - 201
8	19	1	2	H	184 - 201
1	1	2	6	E	356 - 366
2	1	2	6	G	356 - 366
3	1	2	6	H	356 - 366
1	1	3	6	A	356 - 366
2	1	3	6	B	356 - 366
3	1	3	6	C	356 - 366
4	1	3	6	D	356 - 366
5	1	3	6	F	356 - 366

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.946, -0.09155, 0.311), (-0.09266, -0.9956, -0.01125), (0.3107, -0.01818, -0.9503)	-19.27, -41.12, 108.4
2	given	(-0.97521, -0.10871, -0.19274), (-0.11518, -0.49436, 0.86159), (-0.18894, 0.86243, 0.46959)	86.06313, -82.88605, 59.77095
3	given	(-0.08604, -0.00912, -0.99625), (0.00519, 0.99994, -0.0096), (0.99628, -0.006, -0.08599)	59.24129, -7.46982, 82.21975

#1: タンパク質	AGMATINE DEIMINASE / AGMATINE IMINOHYDROLASE 分子量: 43960.301 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CARBON ATOM OF THE GUANIDINIUM GROUP OF AGMATINE COVALENTLY LINKED WITH THE THIOL GROUP OF CYS357 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 株: SD10 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837U5, agmatine deiminase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE HIS325 OF UNIPROT DATABASE IS AN ARGININE IN THIS E. FAECALIS STRAIN. THE CRYSTAL STRUCTURE ...THE HIS325 OF UNIPROT DATABASE IS AN ARGININE IN THIS E. FAECALIS STRAIN. THE CRYSTAL STRUCTURE INCLUDE THE 24- AMINO ACID C-TERMINAL EXTENSION VGGKQNSSSVDKLAAALEHHHHHH

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.5M SODIUM CHLORIDE, 1.6M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES PH 7.5, 5MM AGMATINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9765
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→45.36 Å / Num. obs: 417377 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EWO

2ewo

解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.364 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	20970	5 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.168	396242	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.76 Å²	0 Å²	0.44 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23234	0	0	2174	25408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	23752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.946	32208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.473	5	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.839	25.431	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.389	15	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.173	15	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	18451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	12051
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	16425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.083	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.855	1.5	14925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.236	2	23579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.045	3	10059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.197	4.5	8629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1874	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	1874	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	1874	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	1874	tight positional	0.06	0.05
1	5	E	1874	tight positional	0.04	0.05
1	6	F	1874	tight positional	0.05	0.05
1	7	G	1874	tight positional	0.04	0.05
1	8	H	1874	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	793	medium positional	0.45	0.5
1	2	B	793	medium positional	0.55	0.5
1	3	C	793	medium positional	0.48	0.5
1	4	D	793	medium positional	0.51	0.5
1	5	E	793	medium positional	0.53	0.5
1	6	F	793	medium positional	0.51	0.5
1	7	G	793	medium positional	0.45	0.5
1	8	H	793	medium positional	0.42	0.5
1	1	A	103	loose positional	0.54	5
1	2	B	103	loose positional	0.6	5
1	3	C	103	loose positional	0.64	5
1	4	D	103	loose positional	1.33	5
1	5	E	103	loose positional	0.46	5
1	6	F	103	loose positional	0.4	5
1	7	G	103	loose positional	0.54	5
1	8	H	103	loose positional	0.5	5
2	1	E	100	loose positional	0.26	5
2	2	G	100	loose positional	0.44	5
2	3	H	100	loose positional	0.47	5
3	1	A	93	loose positional	0.23	5
3	2	B	93	loose positional	0.24	5
3	3	C	93	loose positional	0.23	5
3	4	D	93	loose positional	0.44	5
3	5	F	93	loose positional	0.16	5
1	1	A	1874	tight thermal	0.17	0.5
1	2	B	1874	tight thermal	0.16	0.5
1	3	C	1874	tight thermal	0.16	0.5
1	4	D	1874	tight thermal	0.15	0.5
1	5	E	1874	tight thermal	0.14	0.5
1	6	F	1874	tight thermal	0.14	0.5
1	7	G	1874	tight thermal	0.12	0.5
1	8	H	1874	tight thermal	0.13	0.5
1	1	A	793	medium thermal	0.86	2
1	2	B	793	medium thermal	0.88	2
1	3	C	793	medium thermal	0.82	2
1	4	D	793	medium thermal	0.86	2
1	5	E	793	medium thermal	0.79	2
1	6	F	793	medium thermal	0.73	2
1	7	G	793	medium thermal	0.64	2
1	8	H	793	medium thermal	0.65	2
1	1	A	103	loose thermal	1.78	10
1	2	B	103	loose thermal	1.93	10
1	3	C	103	loose thermal	2.03	10
1	4	D	103	loose thermal	1.92	10
1	5	E	103	loose thermal	2.26	10
1	6	F	103	loose thermal	1.57	10
1	7	G	103	loose thermal	1.48	10
1	8	H	103	loose thermal	1.49	10
2	1	E	100	loose thermal	2.29	10
2	2	G	100	loose thermal	1.63	10
2	3	H	100	loose thermal	1.83	10
3	1	A	93	loose thermal	1.17	10
3	2	B	93	loose thermal	1.64	10
3	3	C	93	loose thermal	1.19	10
3	4	D	93	loose thermal	3.3	10
3	5	F	93	loose thermal	1.45	10

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	1485	-
R_work	0.202	29288	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5808	-0.1871	-0.1562	0.9274	-0.0453	0.672	-0.0152	0.0433	-0.0018	-0.0559	0.0364	0.0524	0.0226	-0.0756	-0.0211	-0.1503	-0.0115	-0.0161	-0.1138	0.0023	-0.1236	21.637	-10.126	60.278
2	0.7247	0.2198	-0.1297	0.9761	-0.1123	0.7947	-0.0449	0.0581	0.0248	0.0096	0.0591	0.0706	0.012	-0.0936	-0.0142	-0.1375	-0.0196	-0.0084	-0.1128	-0.0112	-0.1262	20.943	-33.724	57.986
3	0.6647	0.0892	-0.0001	1.0054	0.0246	0.8344	-0.0344	0.0355	0.0025	0.0175	0.0292	0.0198	0.0366	0.0035	0.0052	-0.1378	0.0245	-0.0059	-0.1195	0.0071	-0.139	0.014	-41.549	98.239
4	0.5702	0.0029	-0.1364	1.2173	-0.1545	0.7566	-0.0023	0.0246	0.0153	0.0558	0.0498	-0.0139	-0.0473	0.0006	-0.0476	-0.1239	0.0319	-0.0039	-0.1175	0.007	-0.1265	-2.26	-18.109	97.64
5	0.7982	-0.3251	0.003	1.0475	-0.0646	0.4786	-0.0481	-0.0255	0.0412	0.0418	0.0519	-0.2032	-0.0029	0.0687	-0.0038	-0.1379	0.007	-0.0358	-0.0954	-0.0226	-0.0753	54.513	-28.535	75.14
6	0.666	0.0862	-0.042	0.8627	-0.161	0.614	-0.0311	-0.0126	0.0021	-0.0332	0.0195	-0.2174	-0.0258	0.0519	0.0115	-0.1343	-0.0225	0.0162	-0.1037	-0.019	-0.0415	57.832	-18.707	53.906
7	0.6257	0.1944	0.0305	1.1425	-0.4881	0.7518	0.0677	-0.0617	0.0545	0.4272	0.0563	0.2137	-0.125	-0.0622	-0.1241	0.0877	0.0549	0.1221	-0.0703	0.0241	-0.0565	-20.176	-36.251	130.034
8	0.9082	0.3128	-0.2033	1.1689	-0.307	0.8108	0.1255	-0.0989	0.0728	0.5768	-0.0394	0.0998	-0.1575	0.0203	-0.086	0.2078	0.0102	0.0214	-0.0764	-0.0139	-0.1283	0.831	-26.45	135.478
9	0.7049	-0.2678	0.0331	0.9072	-0.2999	0.997	-0.0433	-0.0511	0.1544	0.0785	0.0454	-0.0565	-0.1869	-0.0156	-0.002	-0.1066	0.0001	-0.0263	-0.102	-0.0037	-0.0718	22.02	8.258	65.031
10	0.9659	0.5374	-0.25	0.8968	-0.1839	0.816	-0.1233	0.1599	-0.223	-0.0863	0.0708	-0.0624	0.1789	-0.0243	0.0526	-0.0646	-0.0334	0.0188	-0.084	-0.0395	-0.0553	21.018	-52.092	53.275
11	0.8449	-0.038	0.0643	0.8028	0.0553	0.9013	-0.0126	-0.0165	-0.1845	0.0484	0.008	-0.0239	0.3055	0.0772	0.0045	-0.0101	0.0411	0.0015	-0.0906	0.0093	-0.0824	4.931	-59.838	98.745
12	0.8128	0.1566	-0.0666	1.1005	-0.2415	0.7978	0.0516	-0.019	0.1906	0.153	0.0494	0.101	-0.2438	-0.0968	-0.1011	-0.02	0.0556	0.0443	-0.0889	0.01	-0.0554	-7.569	0.133	98.346
13	0.8176	-0.5124	-0.0027	1.4377	0.0427	0.5165	-0.1978	-0.3311	-0.0159	0.3875	0.194	-0.0872	0.0583	0.0384	0.0037	-0.0131	0.0847	-0.0538	0.0245	-0.0096	-0.0628	51.26	-33.449	93.229
14	0.9477	0.3249	-0.2524	1.2442	0.0212	0.4689	-0.0753	0.1907	0.008	-0.3216	0.0822	-0.2327	-0.0427	0.0096	-0.0069	-0.0302	-0.0473	0.0726	-0.0492	-0.0078	-0.0036	60.997	-13.683	35.922
15	0.4967	0.368	-0.3125	1.888	-0.7285	1.1537	0.0723	0.0894	0.1035	0.3364	0.1939	0.6444	-0.0782	-0.4025	-0.2662	0.0473	0.0669	0.1823	0.0756	0.1076	0.1695	-37.792	-41.563	125.49
16	0.4757	0.2426	0.2705	1.9868	0.1324	1.0309	0.1646	-0.0989	0.0276	0.6419	-0.075	-0.2858	-0.1553	0.2773	-0.0897	0.3051	-0.0579	-0.1063	0.0326	-0.0116	-0.0629	18.491	-21.196	139.967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	360 - 367
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	360 - 366
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	360 - 368
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 151
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	360 - 373
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 151
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	360 - 368
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	360 - 366
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 151
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	360 - 367
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 151
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	360 - 366
17	X-RAY DIFFRACTION	9	A	160 - 354
18	X-RAY DIFFRACTION	10	B	160 - 354
19	X-RAY DIFFRACTION	11	C	160 - 354
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	160 - 354
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	160 - 354
22	X-RAY DIFFRACTION	14	F	160 - 354
23	X-RAY DIFFRACTION	15	G	160 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	16	H	160 - 354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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