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Yorodumi- PDB-2jer: Agmatine deiminase of Enterococcus faecalis catalyzing its reaction. -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2jer | |||||||||
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Title | Agmatine deiminase of Enterococcus faecalis catalyzing its reaction. | |||||||||
Components | AGMATINE DEIMINASE | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / AGMATINE DEIMINASE / TETRAMER / AGDI / 5- FOLD PSEUDOSYMMETRIC STRUCTURE / AGMATINE DEGRADATION PATHWAY / COVALENT AMIDINO ADDUCT / AGMATINE IMINOHYDROLASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information agmatine deiminase / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ENTEROCOCCUS FAECALIS (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | |||||||||
Authors | Tavarez, S. / Llacer, J.L. / Rubio, V. | |||||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2007 Title: The Gene Cluster for Agmatine Catabolism of Enterococcus Faecalis: Study of Recombinant Putrescine Transcarbamylase and Agmatine Deiminase and a Snapshot of Agmatine Deiminase Catalyzing its Reaction. Authors: Llacer, J.L. / Polo, L.M. / Tavarez, S. / Alarcon, B. / Hilario, R. / Rubio, V. | |||||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2jer.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2jer.ent.gz | 941.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2jer.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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Summary document | 2jer_validation.pdf.gz | 462.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2jer_full_validation.pdf.gz | 497.4 KB | Display | |
Data in XML | 2jer_validation.xml.gz | 60.7 KB | Display | |
Data in CIF | 2jer_validation.cif.gz | 99.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jer | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2ewoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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