PDB-2jeo: Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jeo

タイトル

Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 1

要素

URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

キーワード

TRANSFERASE / UCK / KINASE / ATP-BINDING / NUCLEOSIDE KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine/cytidine kinase / CTP salvage / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kosinska, U. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Uridine-Cytidine Kinase 1
著者: Kosinska, U. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. ...

履歴

登録	2007年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jeo.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jeo.ent.gz	41.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jeo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jeo_validation.pdf.gz	410.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jeo_full_validation.pdf.gz	413.3 KB	表示
XML形式データ	2jeo_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	2jeo_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jeo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uvqC 1rxjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uvq-1 6pwz-1 1xrj-1 6n55-1 6n55-2 6eaz-d 3fo9-d 6qlw-d 6zov-d 1uj2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.971, 67.971, 236.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	URIDINE-CYTIDINE KINASE 1 / UCK 1 / URIDINE MONOPHOSPHOKINASE 1 / CYTIDINE MONOPHOSPHOKINASE 1 分子量: 28244.295 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HA47, uridine/cytidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	詳細: 0.8-1.0 M SUCCINIC ACID PH 6.7-7.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 12014 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18.6 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 17.4 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RXJ

1rxj

解像度: 2.5→29.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 16.415 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	572	4.8 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.205	11402	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	-0.04 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1715	0	0	41	1756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.191	1.965	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.009	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.421	23.953	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.821	15	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.975	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.14	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.732	2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.302	3	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.689	4	724
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.508	5	633
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.291	42
R_work	0.235	798

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3739	-0.0245	-0.9134	1.1759	0.0036	3.198	0.0316	0.2492	0.2522	-0.0406	-0.0115	0.1556	-0.2161	-0.3934	-0.0201	0.0189	-0.0199	-0.0447	0.4935	-0.028	0.0461	-4.46	-24.326	20.063
2	2.1693	-4.1308	0.7247	16.0583	-3.422	12.8846	-0.2104	0.3355	0.8864	1.6005	0.4787	0.2447	-1.8223	-0.9394	-0.2684	0.3326	0.076	-0.0317	0.6784	-0.0204	0.2784	-13.014	-18.215	20.993
3	2.4944	-0.8783	1.0671	1.5902	-0.5259	6.7675	-0.0351	0.3058	-0.0688	0.0181	0.1069	0.0629	0.2214	-0.4676	-0.0718	-0.0399	-0.1051	0.0033	0.3616	-0.0183	0.0062	3.624	-28.451	22.531
4	5.0456	1.1213	-2.2175	13.8654	2.2838	5.5372	-0.2095	-0.2208	0.9928	-0.3327	-0.2563	1.0466	-1.1954	-1.304	0.4658	0.3109	0.1359	-0.245	0.6278	-0.1332	0.2709	-0.086	-15.63	38.547
5	5.0628	-0.3122	-2.2648	0.7643	-0.4824	7.5544	-0.0365	0.4131	0.2062	-0.0918	-0.1292	-0.0432	-0.075	-0.1844	0.1657	-0.0252	-0.0367	-0.0483	0.3341	-0.005	0.0098	11.672	-27.515	18.565

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	111 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	130 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	169 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	196 - 235

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関連情報:EMDBヘッダ

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