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万見
- PDB-2jdq: C-terminal domain of influenza A virus polymerase PB2 subunit in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jdq
タイトルC-terminal domain of influenza A virus polymerase PB2 subunit in complex with human importin alpha5
要素
  • IMPORTIN ALPHA-1 SUBUNIT
  • POLYMERASE BASIC PROTEIN 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / TRANSPORT / PB2 SUBUNIT / NUCLEAR PROTEIN / ARMADILLO REPEATS / INFLUENZA A VIRUS RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / BIPARTITE NUCLEAR LOCALISATION SIGNAL / NUCLEAR IMPORT ADAPTER / HUMAN IMPORTIN ALPHA5 / HOST-VIRUS INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle satellite cell proliferation / Inhibition of nitric oxide production / regulation of DNA recombination / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / postsynapse to nucleus signaling pathway / regulation of canonical Wnt signaling pathway ...satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle satellite cell proliferation / Inhibition of nitric oxide production / regulation of DNA recombination / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / postsynapse to nucleus signaling pathway / regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / Vpr-mediated nuclear import of PICs / cap snatching / Integration of provirus / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / nuclear pore / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / virion component / ISG15 antiviral mechanism / protein import into nucleus / Interferon alpha/beta signaling / regulation of apoptotic process / postsynaptic density / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / dendrite / host cell nucleus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polymerase Basic Protein 2, C-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. ...Polymerase Basic Protein 2, C-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Defensin A-like / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / Importin subunit alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tarendeau, F. / Guilligay, D. / Mas, P. / Boulo, S. / Baudin, F. / Ruigrok, R.W.H. / Hart, D.J. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and Nuclear Import Function of the C- Terminal Domain of Influenza Virus Polymerase Pb2 Subunit
著者: Tarendeau, F. / Boudet, J. / Guilligay, D. / Mas, P. / Bougault, C. / Boulo, S. / Baudin, F. / Ruigrok, R.W.H. / Daigle, N. / Ellenberg, J. / Cusack, S. / Simorre, J.-P. / Hart, D.J.
履歴
登録2007年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN ALPHA-1 SUBUNIT
B: IMPORTIN ALPHA-1 SUBUNIT
D: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2
E: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3464
ポリマ－117,3464
非ポリマー00
水4,774265
1
A: IMPORTIN ALPHA-1 SUBUNIT
E: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6732
ポリマ－58,6732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
2
B: IMPORTIN ALPHA-1 SUBUNIT
D: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6732
ポリマ－58,6732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.970, 100.550, 151.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.012908, 0.998917, 0.044708), (-0.998464, 0.010467, 0.054411), (0.053884, -0.045341, 0.997517)
ベクター: 21.1432, 120.6953, 36.3854)

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要素

#1: タンパク質 IMPORTIN ALPHA-1 SUBUNIT / KARYOPHERIN ALPHA-1 SUBUNIT / SRP1-BETA / RAG COHORT PROTEIN 2 / NUCLEOPROTEIN INTERACTOR 1 / NPI-1 ...KARYOPHERIN ALPHA-1 SUBUNIT / SRP1-BETA / RAG COHORT PROTEIN 2 / NUCLEOPROTEIN INTERACTOR 1 / NPI-1 / IMPORTIN ALPHA 5


分子量: 49687.676 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 66-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52294
#2: タンパク質 POLYMERASE BASIC PROTEIN 2 / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT P3 / INFLUENZA A VIRUS POLYMERASE PB2 SUBUNIT


分子量: 8985.251 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 678-759 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VICTORIA/3/75 (H3N2) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P31345
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ADDITIONAL GLYCINE AT N-TERMINUS DUE TO CLONING (CHAINS DE) ADDITIONAL GLYCINE-ALANINE-METHIONINE ...ADDITIONAL GLYCINE AT N-TERMINUS DUE TO CLONING (CHAINS DE) ADDITIONAL GLYCINE-ALANINE-METHIONINE AT N-TERMINUS DUE TO CLONING (CHAINS AB)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 1 MICROLITRE OF PROTEIN SOLUTION, AT 20 MG/ML IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.5, 150 MM NACL, 3 MM BETA-MERCAPTOETHANOL WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M NAAC, PH 4.6, 5 MM CACL2, 15% MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07225
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07225 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 74104 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.06 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q1S

1q1s


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.255 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2969 4 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 71120 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.72 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----2.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7597 0 0 265 7862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227715
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2731.97210454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.928312806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5235972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58825.06332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.576151398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3911546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.25350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.23828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.23928
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1870.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.56353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92127872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48333264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2134.52582
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.34 221
Rwork0.284 5187
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2868-0.80610.63592.1945-1.60613.3045-0.04370.4770.5576-0.3652-0.00730.1454-0.9949-0.28630.05110.42280.1289-0.12140.1760.11030.034450.16675.5332.349
21.1563-0.17-0.42811.09321.20241.374-0.1119-0.0762-0.04030.3140.06940.005-0.29070.01730.04250.23310.0024-0.02020.18120.02870.057761.31665.72143.729
31.35110.19470.61741.40691.38484.1821-0.07530.2427-0.1873-0.3137-0.29930.42830.0141-0.98610.37460.2033-0.0353-0.04030.3393-0.15310.028247.0633.137-28.839
41.53571.1879-0.70763.151-0.29311.2696-0.0358-0.0832-0.11870.22910.0118-0.13780.31430.05830.0240.2111-0.01420.01470.223-0.00720.062253.76836.27814.208
55.12793.7247-4.561512.9164-2.010516.3221-0.5201-0.318-1.03650.5292-0.0624-0.68881.76640.28310.58260.4305-0.01320.16130.03190.02250.109158.8821.7781.668
610.3317-2.2681-3.2044.28893.313416.2995-0.038-0.3449-0.5210.4099-0.40230.88030.406-1.36460.44030.14860.07970.04940.2049-0.0740.151343.77162.26740.154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 281
2X-RAY DIFFRACTION1E749 - 757
3X-RAY DIFFRACTION2A282 - 470
4X-RAY DIFFRACTION3B47 - 356
5X-RAY DIFFRACTION3D748 - 756
6X-RAY DIFFRACTION4B357 - 472
7X-RAY DIFFRACTION5D688 - 741
8X-RAY DIFFRACTION6E686 - 741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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