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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jdc | ||||||
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タイトル | Glyphosate N-acetyltransferase bound to oxidized COA and sulfate | ||||||
![]() | GLYPHOSATE N-ACETYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GNAT / GLYPHOSATE / N-ACETYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Siehl, D.L. / Castle, L.A. / Gorton, R. / Keenan, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Molecular Basis of Glyphosate Resistance by an Optimized Microbial Acetyltransferase. 著者: Siehl, D.L. / Castle, L.A. / Gorton, R. / Keenan, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16624.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: THE ENZYME IS A SHUFFLED VARIANT DERIVED FROM GENES DISCOVERED IN B. LICHENIFORMIS. プラスミド: PQE80 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CAO / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE N-TERMINAL METHIONINE RESIDUE IS DISORDERED IN THE ELECTRON DENSITY, AND WAS NOT MODELED. ...THE N-TERMINAL METHIONINE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6 150-300 MM AMMONIUM SULFATE 20-25% PEG4000 2 MM ACETYL COA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→32.2 Å / Num. obs: 19217 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 47.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 19 / % possible all: 75.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BSW 解像度: 1.6→32.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.568 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PARTIALLY DISORDERED SURFACE SIDECHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. DISORDERED OR RADIATION DAMAGED SURFACE SIDECHAIN ATOMS WERE MODELED AT 0.5 OCCUPANCY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.16 Å
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拘束条件 |
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