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- PDB-2jcp: The hyaluronan binding domain of murine CD44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jcp
タイトルThe hyaluronan binding domain of murine CD44
要素CD44 ANTIGEN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR-BINDING PROTEIN / HYAURONAN / LINK-DOMAIN / PROTEOGLYCAN / POLYMORPHISM / BLOOD GROUP ANTIGEN / ALTERNATIVE SPLICING / LECTIN / ANTIGEN / MEMBRANE / RECEPTOR / SULFATION / GLYCOPROTEIN / C-TYPE LECTIN / CELL ADHESION / EXTRACELLULAR MATRIX / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / TRANSMEMBRANE / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Hyaluronan degradation / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response ...Hyaluronan degradation / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response / hyaluronan catabolic process / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / channel regulator activity / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / wound healing, spreading of cells / cargo receptor activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / microvillus / lamellipodium membrane / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell projection / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / Wnt signaling pathway / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / apical plasma membrane / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD44 antigen / CD44 antigen-like / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Banerji, S. / Wright, A.J. / Noble, M.E.M. / Mahoney, D.J. / Campbell, I.D. / Day, A.J. / Jackson, D.G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structures of the Cd44-Hyaluronan Complex Provide Insight Into a Fundamental Carbohydrate-Protein Interaction.
著者: Banerji, S. / Wright, A.J. / Noble, M.E.M. / Mahoney, D.J. / Campbell, I.D. / Day, A.J. / Jackson, D.G.
履歴
登録2007年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年2月7日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD44 ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1431
ポリマ－17,1431
非ポリマー00
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)30.726, 82.097, 32.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CD44 ANTIGEN / PHAGOCYTIC GLYCOPROTEIN 1 / PGP-1 / HUTCH-I / EXTRACELLULAR MATRIX RECEPTOR III / GP90 LYMPHOCYTE ...PHAGOCYTIC GLYCOPROTEIN 1 / PGP-1 / HUTCH-I / EXTRACELLULAR MATRIX RECEPTOR III / GP90 LYMPHOCYTE HOMING/ADHESION RECEPTOR / HERMES ANTIGEN / HYALURONATE RECEPTOR / LYMPHOCYTE ANTIGEN LY-24 / CD44


分子量: 17143.072 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 23-174 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ENCODED RESIDUES 25-174, EQUIVALENT TO RESIDUES 1-151 OF THE MATURE PROTEIN, WITH ADDITIONAL RESIDUES M, N ADDED AT THE N-TERMINUS
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 PLYSS / 参照: UniProt: P15379
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: DROPLETS COMPRISING 200NL CD4425-174 (AT A CONCENTRATION OF 0.5MM) MIXED WITH 200NL WELL SOLUTION WERE DISPENSED AS SITTING DROPS AND UNDERWENT VAPOR DIFFUSION WITH A WELL SOLUTION OF 30% PEG ...詳細: DROPLETS COMPRISING 200NL CD4425-174 (AT A CONCENTRATION OF 0.5MM) MIXED WITH 200NL WELL SOLUTION WERE DISPENSED AS SITTING DROPS AND UNDERWENT VAPOR DIFFUSION WITH A WELL SOLUTION OF 30% PEG MONOMETHYLETHER 5000, AND 200 MM (NH4)2SO4 IN 100 MM MES BUFFER PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→41.05 Å / Num. obs: 34562 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UUH

1uuh


解像度: 1.3→41.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.397 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE H23, A MET IN THIS CONSTRUCT, IS MISSING. RESIDUE Q24, AN ASN IN THIS CONSTRUCT, IS POORLY VISIBLE AND IS BUILT AS A Q
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1736 5 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.158 32795 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.038 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→41.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 0 178 1350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2621.9321762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8185167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0224.28663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.80215204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.975158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2740.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0860.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.041.5814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60321317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4053517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3054.5445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.166 137
Rwork0.145 2371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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