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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jc2 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the natural F112L human sorcin mutant | ||||||
要素 | SORCIN | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / RYANODINE RECEPTOR INTERACTING PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEIN / NATURAL F112L SORCIN MUTANT / CALCIUM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of relaxation of muscle / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling / regulation of striated muscle contraction / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac muscle cell contraction / Sodium/Calcium exchangers / Reduction of cytosolic Ca++ levels / negative regulation of heart rate / regulation of heart contraction ...regulation of relaxation of muscle / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling / regulation of striated muscle contraction / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac muscle cell contraction / Sodium/Calcium exchangers / Reduction of cytosolic Ca++ levels / negative regulation of heart rate / regulation of heart contraction / muscle organ development / action potential / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Ion transport by P-type ATPases / regulation of calcium ion transport / intracellular sequestering of iron ion / calcium channel regulator activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Ion homeostasis / T-tubule / sarcoplasmic reticulum membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum / Stimuli-sensing channels / Z disc / calcium ion transport / heart development / protease binding / DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Franceschini, S. / Ilari, A. / Colotti, G. / Chiancone, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Faseb J. / 年: 2008 タイトル: Molecular Basis for the Impaired Function of the Natural F112L Sorcin Mutant: X-Ray Crystal Structure, Calcium Affinity, and Interaction with Annexin Vii and the Ryanodine Receptor. 著者: Franceschini, S. / Ilari, A. / Verzili, D. / Zamparelli, C. / Antaramian, A. / Rueda, A. / Valdivia, H.H. / Chiancone, E. / Colotti, G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: The Crystal Structure of the Sorcin Calcium Binding Domain Provides a Model of Calcium-Dependent Processes in the Full Length Protein 著者: Ilari, A. / Johnson, K.A. / Nastopoulos, V. / Verzili, D. / Zamparelli, C. / Colotti, G. / Tsernoglou, D. / Chiancone, E. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of Calcium-Free Human Sorcin: A Member of the Penta-EF-Hand Protein Family 著者: Xie, X. / Dwyer, M.D. / Swenson, L. / Parker, M.H. / Botfield, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jc2.cif.gz | 140.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jc2.ent.gz | 111.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2jc2_validation.pdf.gz | 468.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2jc2_full_validation.pdf.gz | 474.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2jc2_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2jc2_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/2jc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/2jc2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1juoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 33 - 198 / Label seq-ID: 33 - 198
NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.50028, 0.86586, -0.00026), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21661.320 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: HEART, MUSCLE, BRAIN AND ADRENAL MEDULLA / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30626 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 112 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 112 TO LEU ...ENGINEERED | 配列の詳細 | F112L IS A NATURAL HUMAN SORCIN MUTANT. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.7 / 詳細: AMMONIUM SULFATE 1.0M, PH 5.7, 12% V/V DIOXANE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 25105 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JUO 解像度: 2.5→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 12.596 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.059 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES FROM M1 TO Q32 ARE MISSING IN THE STRUCTURE BECAUSE OF AN INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.5 Å
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拘束条件 |
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