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- PDB-2jap: Clavulanic Acid Dehydrogenase: Structural and Biochemical Analysi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jap
タイトルClavulanic Acid Dehydrogenase: Structural and Biochemical Analysis of the Final Step in the Biosynthesis of the beta-Lactamase Inhibitor Clavulanic acid
要素CLAVALDEHYDE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / BETA-LACTAMASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J01 / Chem-NDP / Clavaldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者MacKenzie, A.K. / Kershaw, N.J. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Andersson, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Clavulanic Acid Dehydrogenase: Structural and Biochemical Analysis of the Final Step in the Biosynthesis of the Beta-Lactamase Inhibitor Clavulanic Acid
著者: Mackenzie, A.K. / Kershaw, N.J. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Andersson, I.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLAVALDEHYDE DEHYDROGENASE
B: CLAVALDEHYDE DEHYDROGENASE
C: CLAVALDEHYDE DEHYDROGENASE
D: CLAVALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,20712
ポリマ－105,4284
非ポリマー3,7788
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19440 Å2
ΔGint-60.6 kcal/mol
Surface area30960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.076, 123.423, 126.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 3 - 247 / Label seq-ID: 3 - 247

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
CLAVALDEHYDE DEHYDROGENASE / CLAVULANIC ACID DEHYDROGENASE


分子量: 26357.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
株: NRRL3585 / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LCV7
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-J01 / (2R,3Z,5R)-3-(2-HYDROXYETHYLIDENE)-7-OXO-4-OXA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID / CLAVULANIC ACID / (2R,5R)-3-(2-ヒドロキシエチリデン)-7-オキソ-4-オキサ-1-アザビシクロ[3.2.0]ヘプタン-2β(以下略) / クラブラン酸


分子量: 199.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO5 / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
解説: SELENOMETHIONINE STRUCTURE USED FOR RIGID BODY REFINEMENT WITH ISOMORPHOUS CRYSTALS
結晶化pH: 6.5
詳細: 25% PEG 2000,MONOMETHYL ETHER, 0.8 M SODIUM FORMATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER (PH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.9 Å / Num. obs: 53663 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.1 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.1→34.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 10.618 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2713 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 50900 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7335 0 248 253 7836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0217696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.99610496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7775979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60223.333309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.753151259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2191573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.23771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.25261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3381.55020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.51527785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.24332971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0084.52703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A976tight positional0.030.05
2B976tight positional0.030.05
3C976tight positional0.030.05
4D976tight positional0.030.05
1A845loose positional0.515
2B845loose positional0.485
3C845loose positional0.475
4D845loose positional0.575
1A976tight thermal0.070.5
2B976tight thermal0.060.5
3C976tight thermal0.060.5
4D976tight thermal0.060.5
1A845loose thermal0.910
2B845loose thermal0.810
3C845loose thermal0.8110
4D845loose thermal0.8410
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.271 200
Rwork0.232 3657
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3367-1.59250.32263.0011-0.4741.44880.130.30350.0808-0.4706-0.07350.4009-0.0369-0.1577-0.0565-0.1438-0.0069-0.061-0.12820.0594-0.1432.191-6.043215.9399
22.3678-1.19850.62773.0610.05831.5559-0.5731-0.69520.32650.9140.58720.0853-0.2927-0.2025-0.01410.13030.2708-0.00140.0342-0.0548-0.142234.9191-2.993546.739
32.5633-1.24190.25762.9455-0.09631.37270.20310.4461-0.0505-0.4667-0.1316-0.38130.13790.2788-0.0715-0.14240.04110.0349-0.09-0.0251-0.14855.7317-26.177616.5769
42.0985-1.53910.21073.2933-0.36051.5549-0.4642-0.567-0.22940.86510.5977-0.08710.1371-0.0622-0.13360.06410.2077-0.0418-0.02290.016-0.161151.7572-28.947747.171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 247
2X-RAY DIFFRACTION1A1248
3X-RAY DIFFRACTION1A1249
4X-RAY DIFFRACTION2B3 - 247
5X-RAY DIFFRACTION2B1248
6X-RAY DIFFRACTION2B1249
7X-RAY DIFFRACTION3C2 - 247
8X-RAY DIFFRACTION3C1248
9X-RAY DIFFRACTION3C1249
10X-RAY DIFFRACTION4D3 - 247
11X-RAY DIFFRACTION4D1248
12X-RAY DIFFRACTION4D1249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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